R plot.gam错误“1中的错误：对象$ nsdf：长度为0的参数”

Question

我正在尝试在R中绘制一个gam对象，这是我用gam包创建的。我收到Error in 1:object$nsdf : argument of length 0 when using plot.gam中报告的相同错误。但是，在那里发现的解决方案，更新到最新版本（我认为），对我来说不起作用。我正在运行R 3.3.1，gam 1.12和mgcv 1.8.12（mgcv是plot.gam函数的来源）。

不幸的是，我无法分享我正在使用的数据。但是，以下代码 - 直接从Intro的p.294中提取。使用R进行统计学习 - 为我重现错误：

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
plot(gam.mod)

有人知道这里发生了什么或如何解决它？

谢谢。

Answer 1

如果您仍然收到此消息，则需要将mgcv和gam包更新为最新版本。 2018年2月，gam包裹发生了重大变化：Could not find function plot.gam。这意味着，由gam包安装的GAM现在具有“Gam”类，即使加载了mgcv包，plot也不会选择mgcv::plot.gam来绘制它。 / p>

但是，在R会话中同时使用这两个包仍然是不安全的。因此，强烈建议在2016年提出以下建议。

<强>建议

这个玩具功能可能是一个好主意，以检查R会话是否可以运行GAM分析。

GAM_status <- function () {
  if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK")
  else print("OK")
  }

nsdf是严格自由度的数量，这是mgcv专用的术语。如您所述：mgcv是plot.gam函数的来源。

问题是你的R会话中有两个不兼容的软件包gam和mgcv。您将gam.mod与gam::gam匹配，但随后使用mgcv::plot.gam绘制模型。

注意，使用::通常是正确的将在此处失效。通常，当两个包具有一些内部屏蔽功能时，::是补救措施。但是，对于mgcv和gam，这是完全不可能的。所以我的建议是，如果您使用gam，请不要在R会话中触摸mgcv，反之亦然。

所以，我开始一个新的R会话，并执行以下操作，一切都很好！

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod)

  

感谢您的回答。我从未真正加载mgcv，我只是假设它是gam的依赖项。我开始了一个新的R会话和你提供的代码。我发现它实际上是导致同样问题的car库。

mgcv和gam并不相互依赖，但由于mgcv比gam更受欢迎，因此许多软件包都依赖于mgcv，因为例如，car：

car: Companion to Applied Regression

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R  Companion to
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011.
Version:    2.1-3
Depends:    R (≥ 3.2.0)
Imports:    MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils,
            stats, graphics

请注意“导入”字段，library(car)会同时加载这些包。

Answer 2

我的mgcv版本是1.8-28，但是我仍然遇到这个问题。考虑将所有char变量转换为因数，然后重新运行gam()或bam()。它对我有用。