如何从R中的函数aheatmap获取子集合

Question

我正在使用aheatmap in the NMF package来构建数组和RNA-seq数据的热图。

我试图以与this user was trying to use cutree to extract from hclust objects

相同的方式提取数据的子集

我似乎无法找到achatmap对象的属性，该属性类型为hclust或可由cutree解释。任何建议都将不胜感激。

我也在这里和BioStar上发布了这个，因为它不完全是一个R问题，并不完全是一个生物信息学问题。

我尝试过的一些事情：

library(NMF)
#create some data
d <- matrix(rnorm(120),12,10)
# cluster it
heatmp.obj = aheatmap(d) 
# define some clusters
mycl <- cutree(heatmp.obj$Rowv, k=2) #this produces an error
mycl <- cutree(heatmp.obj$Colv, k=2) #this produces an error

Answer 1

aheatmap返回一个列表，其中两个元素是＆＃39;树形图＆＃39;。 ＆＃39;树状图＆＃39;可以强制输入＆＃39; hclust＆＃39;使用as.hclust()。例如，

a = cutree(as.hclust(heatmp.obj$Rowv), k=3)

Answer 2

根据您提供的第二个链接中的示例：

:~$ python -c "from lxml.etree import LIBXML_VERSION, LXML_VERSION;print(LIBXML_VERSION, LXML_VERSION)"
((2, 9, 3), (3, 6, 1, 0))

这会让你更接近你想要的答案吗？

修改 d <- matrix(rnorm(120),12,10) hr <- hclust(dist(d, method="euclidean"), method="complete") mycl <- cutree(hr, k=2) heatmp.obj <- aheatmap(d,Rowv=as.dendrogram(hr)) 的图片：

aheatmap的图片：