Question

我有一个大型栅格数据集，我正在尝试使用Maxent来预测栖息地的适用性。我在速度方面遇到了麻烦，因此我根据此post将代码重写为并行进程。

ncores = 4
cl = parallel::makeCluster(ncores)
doParallel::registerDoParallel(cl,ncores)
rows=1:nrow(env)
split=sort(rows%%ncores)+1
outname="envOut"
prediction = foreach(i=unique(split), .combine=c) %dopar% {
    rows_sub=rows[split==i]
    sub = raster::crop(env,raster::extent(env,min(rows_sub),max(rows_sub),1,ncol(env)))
    raster::predict(object=env, model = model1,
    filename=paste("I:/GIS/Projects/LISU/",outname,i,".tif",sep=""))
    gc()
}
stopCluster(cl)

然而，当我这样做时，使用了超过500 GB的硬盘空间，我无法生成输出栅格。我在基于这些posts的代码块之前添加了以下行。

rasterOptions(tmpdir="I:/GIS/tmpdir")

I驱动器是外部硬盘驱动器位置，具有大量空间。然而，这个命令似乎被忽略了，因为当我重新进行并行预测时，我的硬盘再次被填满。有什么建议吗？

Answer 1

在Windows中，我设置了我的环境变量TMPDIR=I:\GIS\tmpdir.

当我启动R时，键入tempdir()检索到我想要使用的临时目录的正确路径。

我仍然不确定rasterOptions(tmpdir=...)实际上做了什么。

在R中设置raster（）的临时控制器不起作用

1 个答案: