我一直在Ubuntu中使用R来使用system()进行系统调用，例如启动Amazon EC2实例，管理S3上的文件等。如果我从命令行启动R，一切正常。但是如果我使用Rscript或ESS从脚本启动R，我就会遇到环境变量未设置的问题。
我认为这是一个问题，我没有正确地知道在Ubuntu中设置环境变量的位置。我认为“正确的位置”（对于“右”的某些定义）是在〜/ .bashrc中设置用户环境变量。这是我设置export EC2_HOME=/home/jd/ec2之类的东西，但是当我从ESS执行R并进行系统调用时，没有运行.bashrc脚本。我已经尝试了Googing，我在Ubuntu中看到很多关于环境变量的解释，例如this one。我的膝跳反应是尝试上述线程中的每个推荐，并在其中一个选项有效时立即停止发出错误。但后来我最终得到了非标准的设置，这些设置后来让我咬了屁股。
那么我应该如何设置环境变量，以便在R中运行system()调用时正确设置它们？
答案 0 :(得分：10)
您可以尝试使用Sys.setenv在R中设置它们。
答案 1 :(得分：6)
我认为你混淆了这个问题。我担心这可能与登录shell和非登录shell有关。请参阅bash手册页，了解精美图片......过去曾让我感到疯狂。
也就是说，如果你可以在系统范围内设置环境变量，你有几个选择：
/etc/environment是一个非常好的地方，因为如果您使用不同的shell，它与shell无关~/.local_bashrc 来自和/和
的添加. ~/.local_bashrc
~./bashrc ~/.bash_profile etc pp。
您可以在采购之前使用echo Hello from FILE替换FILE和文件名。这显示了从登录开始的shell之间的区别（例如通过gdm等），通过ssh连接，通过新的xterm等终端等等。
答案 2 :(得分：0)
您可以使用源命令
强制系统读取.bashrc文件source ~/.bashrc
很多不雅和丑陋的方式来应用这个