Question

我正在使用此rmd

创建一个html文件

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title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: html_document 
---

```{r}
data(HairEyeColor)
rpivotTable::rpivotTable(data = HairEyeColor
            , rows = "Hair"
            ,cols="Eye"
            , vals = "Freq"
            , aggregatorName = "Sum"
            , rendererName = "Table"
            , width="100%"
            , height="400px")  
```

和

rmarkdown::render(  input = 'file.RMD' , output_file = 'file.html'
                    , output_format=   html_document(  self_contained=TRUE), clean = FALSE
                    , quiet = FALSE   )

输出没问题，但是我需要markdown文件（file.md）以便稍后重新创建html文件（无法访问数据）

rmarkdown生成两个md文件[file.knit.md]和[file.utf8.md] 但是当我渲染这两个中的任何一个时，file.html中缺少htmlwidget。

rmarkdown::render(  input = 'file.utf8.md' , output_file = 'file.html'
                    , output_format=   html_document(  self_contained=TRUE)   )

对pandoc的rmarkdown调用有[--include-in-header]参数指向具有小部件依赖关系的临时文件，但是在渲染md文件时我没有找到包含它的方法（即--include- in-header /tmp/Rtmp1M0RpP/rmarkdown-str1a169e14827.html“）

下面我粘贴了来自rmarkdown的pandoc调用，但是再一次执行这个命令就产生了一个没有htmlwidget的html文件。

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS file.utf8.md 
--to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash 
--output test._0021.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone 
--section-divs --template /home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/default.html 
--variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpqpGfD1/rmarkdown-str19b5232f45d7.html 
--mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' 
--no-highlight --variable highlightjs=/home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/highlight 
--variable navigationjs=/home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/navigation-1.1

我希望html文件包含交互式htmlwidget，而不是小部件的png。使用下面的代码，我可以生成一个file.md，然后可以渲染一个html文件但是有一个小部件的png，而不是一个交互式的js小部件。

rmarkdown::render(  input = 'file.RMD' , output_file = 'file.md'
                    , output_format=   md_document( ) )

我发现这个问题与此问题有关： Extract html dependencies for .Rmd file (containing htmlwidgets)

Answer 1

您可以告诉rmarkdown将.md文件保留在YAML标头中（请参阅the documentation）：

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title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: 
  html_document:
    keep_md: true
---

此外，如果您知道自己将使用其他选项致电rmarkdown::render（就像使用self_contained = TRUE一样），您也可以在标题中指定它们：

---
title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: 
  html_document:
    keep_md: true
    self_contained: true
---

Answer 2

可以这样做

x <- rmarkdown::render("file.RMD", run_pandoc = FALSE, clean = FALSE)
knit_meta <- attr(x, "knit_meta") 
rmarkdown::render(   input = 'file.knit.md'    , knit_meta = knit_meta )

如何从包含htmlwidget的rmarkdown文件生成md文件

2 个答案: