重新排序multiphylo对象中的所有树

时间:2016-08-11 13:33:16

标签: r list lapply phylogeny ape

您好我正在尝试重新排序multiphylo对象中的所有树,这应该只是在列表中应用函数的一种形式,这是我之前做过的。但是,我似乎无法从包APE中获取'reorder'命令,以便在multiphylo对象中使用lapply或treeapply。我的函数确实使用lapply遍历multiphylo对象,但实际上并没有对树重新排序。它似乎只是返回原始的,无序的树木。任何帮助将不胜感激!

我的代码示例

编辑:它似乎也不仅仅是我的数据,我添加了一行代码来模拟100棵树,而且该函数也没有正确地重新排序模拟树。

#I normally read my multiphylo object in from a file, but simulate one 
#here as an example
#trees<-read.trees("multiphyloobject.tre")

#Simulate 100 trees
trees<-pbtree(n=100,scale=10,nsim=100)

myfun <- function(x) {  
reorder(x,order="pruningwise")}

ordtrees<-lapply(trees,myfun)

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