Question

我有一个ids1中的文件列表。示例

s1_aaa
s1_aab
s1_aac

我想使用sbatch为这些文件提交作业：我使用

for x in `cat ids1`;do sbatch batch_job.sbatch $x ;done

这很好用。

现在我在for循环中尝试2个变量。示例我有另一个文件ids2，如

s2_aaa
s2_aab
s2_aac

我想同时为ids1和ids2中的文件提交作业，即对（s1_aaa，s2_aaa），（s1_aab，s2_aab），（s1_aac，s2_aac）等等。当我尝试

for x,y in `cat ids1;cat ids2`;do sbatch batchjob.sbatch $x $y ;done

我收到错误

-bash: `x,y': not a valid identifier

我做错了什么？

Answer 1

将每个读入数组：

# in bash 4.0 or newer
readarray -t ids1 <ids1 # read each line from file ids1 into array ids1
readarray -t ids2 <ids2 # read each line from file ids2 into array ids2

...或者，在bash 3.x中：

ids1=( ); ids2=( )
while IFS= read -r id; do ids1+=( "$id" ); done <ids1
while IFS= read -r id; do ids2+=( "$id" ); done <ids2

...并迭代索引：

for idx in "${!ids1[@]}"; do # iterate over indexes in ids1
  id1=${ids1[$idx]} # and use that index to look up items in *both* arrays
  id2=${ids2[$idx]}
  echo "Processing $id1 and $id2"
done

另一种选择是使用paste将两个文件合并为一个流，并使用BashFAQ #1 while read循环迭代这两个组合列：

while IFS=$'\t' read -r id1 id2; do
  echo "Processing $id1 and $id2"
done < <(paste ids1 ids2)

Answer 2

如果两个文件中的行匹配，您可以先粘贴它们并成对迭代它们，即

while read a b; do sbatch batchjob.sbatch $a $b; done < <(paste ids1 ids2)

在shell中串联两个变量（即，成对）

2 个答案: