Homoscedastic 2 tailed配对t检验与重复

时间:2016-08-08 16:07:43

标签: r statistics bioinformatics

我需要计算7次治疗的p值与对照的3次重复,我正在编写一个函数来计算不同的东西(调节,IC50,LD50和我感兴趣的其他参数)和把所有东西都合并成一个df,我真的很挣t-test。

我需要将治疗的每一行与相应的一个对照进行比较,我已经将df分为Ctrl和治疗(所有治疗), 理想情况下,我想要像

这样的东西
pVal<-apply(treatment, 1, pairwise.t.test(treatment, Ctrl,
var.equal=T, p.adj.methods = "fdr") 
pVal_num<-sapply(pVal, '[[', 'p.value')
colnames(pval_num) <- paste(colnames(median_ratio_total), "_BH_Adj_pVal" , sep = "_")

或者可能有一个for循环,因为我认为最后附加了colnames这一事实,在最坏的情况下,可能会有名称并且每个处理都有不同的df&#39; s或硬编码来计算对照和治疗的平均值和sd,并进行t检验&#34;手动&#34;。

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