使用SCons与knitr的例子

时间:2016-08-04 14:12:07

标签: knitr scons

是否有使用SConsASP.NET Core生成knitr个文件报告的极少甚至更大的工作示例?

.Rmd命令行(knit shell)中的cleaning_session.Rmd文件来派生bash文件,可以通过以下方式完成:

.html

在此example中,Rscript和说明被提供给Rscript -e "library(knitr); knit('cleaning_session.Rmd')". 文件:

Make

在这个答案https://stackoverflow.com/a/10945832/1172302中,据报道有一个使用SCons的解决方案。然而,我没有足够的测试让它适合我。从本质上讲,像https://tex.stackexchange.com/a/26573/8272中提供的示例一样,会很棒。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

[已更新]一个有效的示例是Sconstruct文件:

import os
environment = Environment(ENV=os.environ)

# define a `knitr` builder
builder = Builder(action = '/usr/local/bin/knit $SOURCE -o $TARGET',
                  src_suffix='Rmd')

# add builders as "Knit", "RMD"
environment.Append( BUILDERS = {'Knit' : builder} )

# define an `rmarkdown::render()` builder
builder = Builder(action = '/usr/bin/Rscript -e "rmarkdown::render(input=\'$SOURCE\', output_file=\'$TARGET\')"',
        src_suffix='Rmd')

environment.Append( BUILDERS = {'RMD' : builder} )

# define source (and target files -- currently useless, since not defined above!)

# main cleaning session code
environment.RMD(source='cleaning_session.Rmd', target='cleaning_session.html')

# documentation of the Cleaning Process
environment.Knit(source='Cleaning_Process.Rmd', target='Cleaning_Process.html')

# documentation of data
environment.Knit(source='Code_Book.Rmd', target='Code_Book.html')
  • 第一个构建器调用名为knit的自定义脚本。反过来,它负责目标文件/扩展,这里是cleaning_session.html。在这个例子中,可能完全不需要suffix参数。

  • 添加的第二个构建器Rscript -e "rmarkdown::render(\'$SOURCE\')"'

  • 如果目标文件已存在,$TARGET的存在(如Command wrapper中的示例所示)可确保SCons不会重复工作。

    < / LI>

自定义脚本(我目前无法检索的源代码)是:

#!/usr/bin/env Rscript

local({
  p = commandArgs(TRUE)
  if (length(p) == 0L || any(c('-h', '--help') %in% p)) {
    message('usage: knit input [input2 input3] [-n] [-o output output2 output3]
    -h, --help        to print help messages
    -n, --no-convert  do not convert tex to pdf, markdown to html, etc
    -o                output filename(s) for knit()')
    q('no')
  }

  library(knitr)
  o = match('-o', p)
  if (is.na(o)) output = NA else {
    output = tail(p, length(p) - o)
    p = head(p, o - 1L)
  }
  nc = c('-n', '--no-convert')
  knit_fun = if (any(nc %in% p)) {
    p = setdiff(p, nc)
    knit
  } else {
    if (length(p) == 0L) stop('no input file provided')
    if (grepl('\\.(R|S)(nw|tex)$', p[1])) {
      function(x, ...) knit2pdf(x, ..., clean = TRUE)
    } else {
      if (grepl('\\.R(md|markdown)$', p[1])) knit2html else knit
    }
  }

  mapply(knit_fun, p, output = output, MoreArgs = list(envir = globalenv()))
})

现在唯一需要的是运行scons