Question

我试图将文件绘制到2个数字的8个子图上。我正在使用for循环和枚举运算符，以及axarray来执行此操作。我几乎完成了最后一步（使用axarray），但需要指导如何完成它。这是我的代码：

'import matplotlib.pyplot as plt
import parse_gctoo
import glob
f, ax1 = plt.subplots()

def histo_plotter(file, plot_title, ax):
    # read in file as string
    GCT_object = parse_gctoo.parse(file)
    # for c in range(9):
    #     print type(GCT_object.data_df.iloc[0][c])
    # computing median of rows in data_df
    # gene_medians = GCT_object.data_df.quantile(q=0.5,axis=1)
    # plot_title = "Gene expression levels for {}".format(cell)
    if plot_title == "ZSPCQNORM":
        gene_means = GCT_object.data_df.mean(axis=1)
        #making histogram of means
        ax.hist(gene_means)
        plt.title("MeanGeneExpressionZSPCQNORM")
        plt.xlabel("MedianGeneExpression")
        plt.ylabel("Count")
    elif plot_title == "QNORM":
        gene_medians = GCT_object.data_df.median(axis=1)
        #making histogram of medians
        ax.hist(gene_medians)
        plt.title("MedianGeneExpressionQNORM")
        plt.xlabel("MedianGeneExpression")
        plt.ylabel("Count")
plt.show()
f.savefig("hist_example1.png")



# plt.ylim(-1, 1)
# plt.xlim(-1,1)

# histo_plotter("/Users/eibelman/Desktop/ZSCOREDATA-    CXA061_SKL_48H_X1_B29_ZSPCQNORM_n372x978.gct.txt", "ZSPCQNORM", ax1)
#     histo_plotter("/Users/eibelman/Desktop/NewLJP005_A375_24H_X2_B19_QNORM_n373x978.gct.txt", "QNORM", ax1)
#########



# Create list of x2 LJP005 cell line files

z_list = glob.glob("/Volumes/cmap_obelix/pod/custom/LJP/roast/LJP005_[A375, A549, BT20, HA1E, HC515, HEPG2, HS578T, HT29]*X2*/zs/*ZSPCQNORM*.gct")
q_list = glob.glob("/Volumes/cmap_obelix/pod/custom/LJP/roast/LJP005_[A375, A549, BT20, HA1E, HC515, HEPG2, HS578T, HT29]*_X2_*/*_QNORM_*.gct")



# for loop which allows plotting multiple files in a single figure

f, axarray = plt.subplots(2, 4)
for n, single_q in enumerate(q_list):
     # axarray = plt.subplot(len(q_list), 1, n+1)
     axarray = histo_plotter(n, "QNORM", ax1)
    # axarray[n].plot()
plt.show()

# f, axarray = plt.subplots(2, 4)
# for n, single_z in enumerate(z_list):
#     # ax = plt.subplot(len(z_list), 1, n+1)
#     histo_plotter(single_z, "ZSPCQNORM", ax1)'

Answer 1

首先，在循环开始时调用plt.figure()就足够了。

其次，您需要正确使用subplot。这是subplot函数的文档：

典型的呼叫签名：

subplot（nrows，ncols，plot_number）其中使用nrows和ncols   在概念上将图分成nrows * ncols子轴，和   plot_number用于标识此特定子图   功能是在名义网格内创建。 plot_number从   1，首先跨行递增，最多为nrows * ncols。

修改

如果你想为每个文件添加一个新的数字，那么在每次迭代时你都应该在没有参数的情况下调用plt.figure()。

Answer 2

你可以试试这个：

import matplotlib.pyplot as plt

plt.figure()

for n, single_q in enumerate(q_list):
    ax = plt.subplot(len(q_list), 1, n+1)
    GCT_object = parse_gctoo.parse(single_q)
    gene_medians = GCT_object.data_df.median(axis=1)
    plt.hist(gene_medians)
    # tweak title, labels, etc.

plt.show()

解释

enumerate遍历项目（s），同时返回其索引（n）;
函数subplot(size, column, row)需要以下参数：size是图中子图的总数，row和column确定当前图的位置。 n+1是必要的，以便将绘图放在绘图网格中的正确位置;
我使用您自己的数据编辑了其余代码

我如何迭代文件列表并将它们绘制为单个图上的子图？

2 个答案: