Question

我在Neo4j遇到了一个奇怪的问题。我最近一直在使用GraphAware TimeTree并且填充它直到昨天才开始。由于我犯了一个错误，我不得不重建树，所以我让脚本一夜之间运行（nohup）。

今天回来，我发现我的剧本只运行了3分钟！

$ ps aux | grep timetreepop
root     21840  0.0  0.0 195952  2816 ?        S    Jul28   0:00 sudo nohup python timetreepop.py
root     21841  0.0  0.2 381416 75016 ?        S    Jul28   0:03 python timetreepop.py

我在工作的时候注意到了这种行为，但是我想把它留在一夜之间，而我不活跃会有所帮助。如果可能存在争用，我也关闭了我的其他java服务器进程。在这一点上，我的服务器只会在后台运行一个python龙卷风服务器，这个服务器不是很大，而且流量不大（每天都有一对一次点击）。

总而言之，我的系统中有足够的可用RAM，CPU没有在其他地方使用，并且我的机器上没有其他进程运行大量IO。使用top / atop可以显示包含可用资源的健康系统。

以下是我的脚本正在做的高级别：

neo = neopop.handler()
for i, meta_id in enumerate(meta_gen(ship='KAOU')):
   neo.populate_timetree(record=meta_id)

我的处理程序在__init__构造函数中创建驱动程序和会话：

self.driver = graphdb.driver(config.NEO4J_HTTP_LINK)
self.session = self.driver.session()

我的生成器提供meta_id个值，这些值是我图表中节点的唯一属性值。

populate_timetree()函数创建以下语句：

MATCH (r:record {meta:"KAQP_20120101v20001_0001"}) WITH r 
CALL ga.timetree.events.attach({node: r, time: r.time, relationshipType: "observedOn", resolution:"Minute"})
YIELD node RETURN node.meta;

一切都工作得很好我第一次去。搞乱我的时间值后，我删除了数据库，重新启动，然后再次尝试。只有这一次，当我打电话关闭会话时，我的程序会冻结：

neo.session.close()

注意：我实际上是在我的__del__解构器中调用它（我知道它可能被认为是不好的做法，但它到目前为止一直在为我工作并且符合我的需要。）

我已经仔细检查了我的所有代码中的流氓readline语句/任何可能导致它暂停的代码。还重新编译了包含所有这些代码的包。我知道事实是它被卡在session.close()声明中。

所以我尝试使用Neo4j-shell工具来查看是否有任何不同。首先是快速响应检查：

$ neoc 'schema'
Indexes
  ON :record(meta) ONLINE (for uniqueness constraint) 

Constraints
  ON (record:record) ASSERT record.meta IS UNIQUE

好的一切都好。现在我尝试使用timetree调用单个值：

$ ./neo4j-shell -c '
> MATCH (r:record {meta:"KAOU_20110613v20001_0000"}) WITH r 
> CALL ga.timetree.events.attach({node: r, time: r.time, relationshipType: "observedOn", resolution:"Minute"})
> YIELD node RETURN node.meta;
> '

BOOM。 Neo4j卡住了！为了清楚起见，我知道MATCH语句并没有永远在这里，因为这次我只在我的数据库中输入了大约200万个节点，并且单独调用match语句运行得非常好。我甚至为这个唯一属性设置了索引（参见上面的模式调用）。

那么这里发生了什么？我认为如果我只插入一个节点，那么树的初始创建不应该是一个太大的问题。我的第一次尝试似乎完美无瑕。我不确定这次我做了多少不同的事情，除了用我拥有的5800万条记录中的200万填充我的数据库。（所以它应该更快）。

我实际上让这个命令运行了几个小时，它也只在我的系统上运行了几分钟。我对这里发生的事情感到很困惑。有没有人有任何想法？无论如何我能看到neo4j正在积极地做这个命令吗？（请记住我正在使用社区版）

我正在运行neo4j的3.0.3版本，3.0.3.39 timetree / graphaware和CentOS 7服务器。

我唯一的想法是，我一直在调用cypher语句并在它们提交之前取消它们，无论是通过python还是cmd行shell工具。是否有可能通过在大交易结束前取消大交易而过多地搞乱交易经理？

例如：

/neo4j-shell -c 'MATCH (r:record) CALL ga.timetree.events.attach(....) ....'

然后在control-C运行约2小时后点击dbms.memory.heap.max_size=16000而没有完成。

更新：

好的，所以我调查了我的日志文件并发现了一些问题。由于没有足够的内存，我的线程似乎被阻止了。我想我的最大堆大小是人为限制的，而不是使用我机器上的可用资源。（也许？？）。所以我手动设置neo4j-shell。

问题似乎现在消失了！我想我很困惑，因为我希望Java OOM出现在{{1}}工具的响应中而不是空转，就像取得进展一样。

Answer 1

$ ./neo4j-shell -c '
> MATCH (r:record {meta:"KAOU_20110613v20001_0000"}) WITH r 
> CALL ga.timetree.events.attach({node: r, time: r.time, relationshipType: "observedOn", resolution:"Minute"})
> YIELD node RETURN node.meta;
> '

此查询预计会将多少个节点附加到时间树？

此程序不使用批处理，因此它仅限于您的记忆在单个事务中可以执行的操作（现在在我们的待办事项中）。

也就是说，手动将事件附加到树上通常没有意义，这个过程是为了方便，但我们建议使用自动事件附件：

https://github.com/graphaware/neo4j-timetree#automatic-event-attachment

通过这种方式，重新附加完整数据库（或仅配置为附件的节点）将重新启动数据库，此过程将与批处理事务一起运行，这将显着加快所需的时间。

neo4j时间树冻结的原因是什么？

1 个答案: