Question

我想在R中使用glmmadmb（）来拟合零膨胀负二项式随机效应模型。这些模型在使用包中的数据时是可重现的。

尝试1：

om1 <- glmmadmb(SiblingNegotiation~FoodTreatment*SexParent+offset(log(BroodSize)),
                random=(1|Nest),
                zeroInflation=TRUE,family="nbinom",data=Owls)

给出错误：

Error in process_randformula(formula, random, data = data) : 
  object 'Nest' not found

尝试2：

om2 <- glmmadmb(SiblingNegotiation~FoodTreatment*SexParent+offset(log(BroodSize)),
                random="~1|Nest",
                zeroInflation=TRUE,family="nbinom",data=Owls)

给出错误：

Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = character(0)) : 
  attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions

如何使用random参数成功执行此函数调用？

Answer 1

为了使此模型适合random参数，请尝试从尝试2代码中删除引号：

om3 <- glmmadmb(SiblingNegotiation~FoodTreatment*SexParent+offset(log(BroodSize)),
                random=~1|Nest,
                zeroInflation=TRUE,family="nbinom",data=Owls)

或使用as.formula和引号：

om4 <- glmmadmb(SiblingNegotiation~FoodTreatment*SexParent+offset(log(BroodSize)),
                random=as.formula("~1|Nest"),
                zeroInflation=TRUE,family="nbinom",data=Owls)

这相当于glmmadmb（）帮助页面上给出的示例，它不使用random参数：

om5 <- glmmadmb(SiblingNegotiation~FoodTreatment*SexParent+
                 (1|Nest)+offset(log(BroodSize)),
               zeroInflation=TRUE,family="nbinom",data=Owls)

> identical(om3$fitted, om5$fitted)
[1] TRUE
> identical(om4$fitted, om5$fitted)
[1] TRUE
> identical(om3$fitted, om4$fitted)
[1] TRUE

glmmadmb R包：process_randformula中的错误（公式，随机，数据=数据）和`colnames＆lt; -`中的错误（`* tmp *`，value = character（0））

1 个答案: