ezknit(包ezknitr)不解析YAML头

时间:2016-07-28 16:13:41

标签: r yaml markdown knitr r-markdown

我正在尝试使用R包.Rmd编织ezknitr文件。问题是,YAML标题显示以被ezknitr解析/忽略。

为此,我创建了一些虚拟.Rmd文件:

---
title: "dummy"
author: "Sebastian Sauer"
date: "28 Juli 2016"
output: html_document
---

TEST - ezknit.

我将此文件保存为dummy.Rmd

然后我就这样编织:

ezknit(file = "analysis/dummy.Rmd")

生成的.html文件显示标题或其他元数据。

然而,使用普通针织编织(例如RStudio中的“编织按钮”)确实会生成带有标题等的html页面

我希望ezknit生成一个解析YAML标头的html页面。

感谢任何想法。

更新1:

我试图编织这个文件:

---
title: "dummy"
author: "me"
date: "28 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r}

knitr::opts_knit$set(base.dir = "..", output.dir = "../reports")
```

```{r}
plot(mtcars$hp)
```

但它因pandoc错误67而失败。

reports文件夹位于路径的一步,但显然找不到。

然而,我能够得到一个中途解决方案:只需让输出html呈现在脚本文件中(即工作目录); output.dir中未指定opts_knit。这远非完美,但至少它会编译。

sessionInfo()

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.5 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] ezknitr_0.4     leaps_2.9       dplyr_0.5.0     tibble_1.1      caret_6.0-70   
 [6] ggplot2_2.1.0   tidyr_0.5.1     knitr_1.13.6    readr_0.2.2     mice_2.25      
[11] Rcpp_0.12.5     magrittr_1.5    pscl_1.4.9      lattice_0.20-33 MASS_7.3-45    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] reshape2_1.4.1      splines_3.3.1       colorspace_1.2-6    htmltools_0.3.5    
 [5] stats4_3.3.1        yaml_2.1.13         mgcv_1.8-12         survival_2.39-5    
 [9] R.oo_1.20.0         e1071_1.6-7         nloptr_1.0.4        DBI_0.4-1          
[13] R.utils_2.3.0       foreach_1.4.3       plyr_1.8.4          stringr_1.0.0.9000 
[17] MatrixModels_0.4-1  munsell_0.4.3       gtable_0.2.0        R.methodsS3_1.7.1  
[21] codetools_0.2-14    evaluate_0.9        SparseM_1.7         quantreg_5.26      
[25] pbkrtest_0.4-6      parallel_3.3.1      class_7.3-14        markdown_0.7.7     
[29] highr_0.6           scales_0.4.0        formatR_1.4         mime_0.5           
[33] lme4_1.1-12         digest_0.6.9        stringi_1.1.1       grid_3.3.1         
[37] tools_3.3.1         lazyeval_0.2.0.9000 car_2.1-2           Matrix_1.2-6       
[41] assertthat_0.1      minqa_1.2.4         rmarkdown_1.0       iterators_1.0.8    
[45] R6_2.1.2            rpart_4.1-10        nnet_7.3-12         nlme_3.1-128       
[49] compiler_3.3.1     

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