Question

我在mac上安装了SignalP 4.0。我按照描述更改了文件夹目录和输出目录的路径。

然后，当我通过键入：

来尝试测试脚本时

   ./signalp -t euk -f summary test/euk10.fsa > euk10.fsa.summary_out

错误讯息：

    Can't locate FASTA.pm in @INC (you may need to install the FASTA module)(@INC contains: ....) at ./signalp line 80.

文件signalp第80行中的

是：

 use FASTA;

我安装了BioPerl，其中包含Bio :: BD :: Fasta模块，我想这就是我需要的。

但是，它仍会输出相同的错误消息。

Answer 1

你错过了＆＃39; P＆＃39;。尝试：span

Answer 2

我在任何地方的安装说明中都没有看到这一点，但如果您编辑该程序包中的signalp可执行文件，则会看到一些需要自定义的设置。在第14行，您需要编辑默认路径以通过编辑行

指向signalp目录位置

$ENV{SIGNAL} = '/path/to/signalp/directory';

这将允许程序找到位于该包的FASTA.pm目录中的lib模块。看起来没有必要为此安装任何其他软件包。