Question

让我们说我有一个像这样的Rle，长度为10：

b = rle(c("H", "T", "T", "H", "H", "H", "H", "H", "T", "H"))

如何在不使用inverse.rle的情况下获取此对象的长度？

length(inverse.rle(b))
# 10

我有一些代表染色体的稀疏Rles，它们可以有数亿的长度，所以我宁愿不使用逆。

akruns答案对我的数据不起作用：

> a
$ mydata
numeric-Rle of length 57442693 with 12471 runs
  Lengths: 2709826     100   31062     100 ...       2     232     100      47
  Values :       0       1       0       1 ...       1       0       1       0

> a$lengths
NULL

Answer 1

由于rle是list对象，lengths和values作为list的元素，我们可以提取lengths和sum

sum(b$lengths)
#[1] 10

Answer 2

关于您的修改：akrun的回答仍然通常有效，您只需稍微调整一下Rle数据类型：

我不知道你在这里使用的是什么函数，但是如果它类似于Bioconductor Rle S4类，那么解决方案就是

sum(s@lengths)

也就是说，您必须使用S4插槽名称lengths，而不是嵌套名称lengths。更一般地说，您可以通过检查找出哪种解决方案有效：

对象名称来自names(obj)。
或者，对于S4对象，其插槽名称为：slotNames(obj)。

Answer 3

对于S4vectors类Rle，您需要使用方法runLength，它没有访问者$length。

在上面的示例中，这变为runLength(a[[1]])。

我可以在不使用逆的情况下获得rle对象的总长度吗？

3 个答案: