Question

下面你可以在R中找到一段我希望转换成使用多个CPU作为并行进程运行的代码。我尝试使用foreach包，但没有走得太远......我找不到一个很好的例子如何使它工作，因为我有3级嵌套循环。非常感谢帮助。下面的代码示例 - 我创建了一个简单的函数，因此它可以作为一个例子：

celnum <- c(10,20,30)
t2 <- c(1,2,3)
allrepeat <- 10

samplefunction <- function(celnum,t2){

        x <- rnorm(100,celnum,t2)
        y = sample(x, 1)
        z = sample(x,1)

        result = y+z


        result 
}

以常规方式获得结果：

z_grid <- matrix(, nrow = length(celnum), ncol = length(t2))

repetitions <- matrix(, nrow = allrepeat, ncol = 1)



set.seed=20
for(i in 1:length(celnum)){
        for (j in 1:length(t2)){
                for (k in 1:allrepeat) {
                        results <- samplefunction(celnum[i],t2[j]) 
                                repetitions[k] <- results
                                z_grid[i,j] <- mean(repetitions,na.rm=TRUE) 
                }  
        }
}

z_grid

现在尝试使用foreach做同样的事情：

set.seed=20

library(foreach)
library(doSNOW)

cl <- makeCluster(3, type = "SOCK")
registerDoSNOW(cl)

set.seed=20
output <- foreach(i=1:length(celnum),.combine='cbind' ) %:% 
        foreach (j=1:length(t2), .combine='c') %:%   
                foreach (k = 1:allrepeat) %do% {
                        mean(samplefunction(celnum[i],t2[j]) )
}  
output

这并不像我希望的那样工作，因为它返回的是30x2维度的矩阵而不是3x3。我的目的是模拟i和j组合k次的场景，并希望得到i和j的每个组合的这些k个模拟的平均值。

Answer 1

修改

嵌套的for循环应该如下所示。请注意，只有一个foreach和两个for循环嵌套。

library(foreach) library(doSNOW) cl <- makeCluster(3, type = "SOCK") registerDoSNOW(cl) set.seed(20) output <- foreach(k=1:allrepeat) %dopar% { df <- data.frame() for (i in 1:length(t2)) { for (j in 1:length(celnum)) { df[i,j] <- mean(samplefunction(celnum[i],t2[j])) } } df }

结果output也是list。计算单元格意味着this post有很多帮助。

library(plyr) aaply(laply(output, as.matrix), c(2,3), mean) # X2 # X1 V1 V2 V3 # 1 20.30548 21.38818 18.49324 # 2 40.09506 40.64564 40.34847 # 3 60.10946 59.68913 58.66209
顺便说一句：你应该......

stopCluster(cl)

......之后。

原帖：

首先，您必须确定要用for循环替换哪个foreach循环。

基本上这个决定主要受到循环结果的影响，因此，这个结果如何组合起来。由于您将单个进程外包给PC的各个处理器，因此只返回最后一个元素。这些结果将按照.combine参数（例如'c'，'cbind'等）中的说明进行组合。由于您尝试生成两个列表，因此首次启动可能并不容易。因此，我想提出一个示例，概述嵌套在其他foreach循环中的for循环的功能。

library(foreach) library(doSNOW) dat1 <- c(15.2, 12.58, 4.25, 1.05, 6.78, 9.22, 11.20) dat2 <- data.frame(matrix(1:15, ncol = 3)) cl <- makeCluster(3, type = "SOCK") registerDoSNOW(cl) for (i in 1:nrow(dat2)) { FEresult <- foreach(j = 1:ncol(dat2), .combine = c, .inorder = TRUE) %dopar% { tmp <- dat1 * dat2[i, j] data.frame(tmp) } FEresult if (i == 1) { res <- FEresult } else { res <- rbind(res, FEresult) } } res

你会注意到，这个循环的结果是一个列表。

在R中将嵌套的for循环转换为并行

1 个答案: