ggplot facet grid / wrap高分辨率

时间:2016-07-25 06:07:44

标签: r ggplot2 facet-wrap facet-grid

我正在尝试使用ggplot中的facet网格将样本和染色体绘制为行和列。我的问题是每个方面都非常小,因为我有25条染色体和许多样本。有没有办法用实际尺寸绘制每个面,并在样本和染色体上水平和垂直滚动?这是我的代码

seg <- read.table("tmp.seg")
head(seg)
    id  chr   start      end test  ref       log2
2 114F chrY 9992443 10038173 2654 3818 -0.03
3 114F chrY 9969577 10015307  460 1286 -0.99
4 114F chrY 9946711  9992441  497 1348 -0.94
5 114F chrY 9923845  9969575  537 1254 -0.73
6 114F chrY 9900979  9946709 1040 2667 -0.86
7 114F chrY 9878113  9923843  700 2021 -1.03

p <- ggplot(seg) + geom_segment(aes(x=seg$start,y=seg$log2,xend=seg$end,yend=seg$log2,color=seg$log2),size=1) +
    facet_grid(id~chr,scales="free_x") + 
      scale_color_gradient(limits=c(-1,1),low="blue", high="red") +
        theme(panel.background=element_rect(fill="white")) + ylim(c(-2,2))

结果如下所示

enter image description here

正如你所看到的,这个方面缩小了内部所有细节消失的情节。我想知道如何制作高分辨率图,其中人们可以水平和垂直滚动,以高细节看每个样本的每个染色体。

提前致谢

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

使用具有特定数量的列或行的facet_wrap包装。例如, facet_grid(ID〜CHR,NcoI位= 4) 将您的图表分解为更清晰的表示,但不幸的是不会使图表滚动。