R计算地球移动器对大型栅格的距离

Question

我试图用emd2d（来自emdist库，版本0.3-1）对两个栅格之间的（dis）相似性进行定量估计。 以下代码适用于小矩阵（~35x35），但我的栅格更大（~5000x3000）并且我收到内存错误：

emdr中的错误（A，B，dist = dist，...）：
无法在emdist中存储（-1608.8 MB）

以下是说明问题的示例代码：

#test case:
library(emdist)
Rows = 40
Cols = 40
Mat1 = matrix( 
       seq(1,Rows*Cols), 
       nrow = Rows, 
       ncol = Cols) 

m0 <- matrix(0, Rows, Cols)
Mat_Rand = apply(m0, c(1,2), function(x) rnorm(1)) #sample(c(0,1),1))
Mat2 = Mat1 * Mat_Rand

emd2d(Mat1,Mat2,dist="euclidean")

我在win7 64bit上运行R R版本3.2.5。

由于

Ilik

Answer 1

要绕过内存限制，您可以采用矩阵样本，例如：随机选择每行40个中的30个和每个40个中的30个以形成新矩阵，从而将对从100多万减少到不到50万。

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