管道zcat stdin进入需要多个输入的java程序

Question

我的gzip压缩文件太大，无法解压缩并保存。我希望使用zcat解压缩并将其提供给一个接受多个输入的java程序。该程序的格式为：

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V data.vcf

后面的-V应该是gzip压缩文件的输入。我尝试过类似的东西：

zcat data.vcf.gz | java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V 

但这不起作用。我该如何解决这个问题？