Heatmap.2:在左/上添加行/列标签,无需硬编码坐标

时间:2016-07-21 11:28:24

标签: r bioinformatics heatmap dna-sequence

我尝试使用热图2重新创建热图,类似于此(1)

heatmap sample image

我能够添加" A C G T"底部列和右侧行标签的标签。我试图添加" group"命名到顶部和左侧轴(" 1012T3"等等," G> A"等)。

我已尝试通过add.expr功能执行此操作,但这会将文本覆盖在热图上方,并在我尝试将其移动到热图的左侧时消失。

我已经能够通过对(2)这样的坐标进行硬编码来添加它:

pos1 <- structure(list(x = c(0.222, 0.861), 
                   y = 0.993),
              .Names = c("x", "y"))

text(x=seq(pos1$x[1], pos1$x[2], len=6), y=rep(pos1$y[1],6)  ,
 srt=0, xpd=TRUE, adj = 0,
 labels=c('C>A', 'C>G', 'C>T', 'T>A', 'T>C', 'T>G') )

虽然它有效,但我不太满意于必须对坐标进行硬编码的一些hacky解决方案。有没有人有解决方案在左/上添加行/列标签而不对坐标进行硬编码?

谢谢!

1 个答案:

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我发现的“ñapa”是通过使用参数offsetRow。

即:heatmap.2(数据帧,offsetRow = -36)。具有负数的offsetRow将标签向左移动。