将数据帧从R返回到shell脚本作为变量

时间:2016-07-20 21:23:51

标签: r linux bash shell

我正在编写一个shell脚本,其中包含运行R系列脚本的命令。这些R脚本是相互链接的,因为第一个R脚本应该将数据帧返回到shell脚本变量,并且我想将该变量传递给第二个R脚本。 我尝试在第一个Rscript中使用cat函数来完成此操作。这会处理字符串和数字,但不处理数据帧。我想返回并传递数据帧。有什么方法可以做到这一点。 下面是示例R脚本和shell脚本。

这是我的shell脚本:shell1.sh

#!/bin/sh

v1=$(R --slave --no-save < DataExtraction.R)
v2=$(R --slave --no-save < DataTransformation.R $v1)
echo $v2

DataExtraction.R:

df1 <- mtcars
cat(df1)

DataTransformation.R:

args <- commandArgs(TRUE)
df2 <-args[1]
abc <- df2$mpg
cat(abc)

当我运行shell脚本时,我应该看到终端上印有mtcars $ mpg的内容。

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