如何将R中的序列分成多个子部分

Question

seq =＆＃34; GAGTAGGAGGAG＆＃34;，如何将此序列分成以下子序列＆＃34; GAG＆＃34;，＆＃34; TAG＆＃34;，＆＃34; GAG＆＃34; ，＆＃34; GAG＆＃34;即如何将序列分成三组

Answer 1

我们可以创建一个名为fixed_split的函数，它将字符串拆分成相等的部分。正则表达式是一个与n元素匹配的lookbehind：

fixed_split <- function(text, n) {
  strsplit(text, paste0("(?<=.{",n,"})"), perl=TRUE)
}

fixed_split("GAGTAGGAGGAG", 3)
[[1]]
[1] "GAG" "TAG" "GAG" "GAG"

修改

在评论中，您说sequence ="ATGATGATG"不起作用：

strsplit(sequence,"(?<=.{3})", perl=TRUE)
[[1]]
[1] "ATG" "ATG" "ATG"