Question

我正在尝试关注Brew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlib，但它没有帮助。我今天早些时候R工作了，但我安装了r-essentials到conda（最初安装了R的方式），现在收到以下错误：

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib
  Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib
  Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5

Answer 1

文件libpcre.1.dylib不在@rpath

中

我从/ opt / local / lib /找到了libpcre.1.dylib 并建立了符号链接，其中conda放置了R＆C的库，在我的情况下

~/anaconda/lib/R/lib

如果您有类似的情况，这两个命令几乎没有任何修改可以帮助您

cd  /Users/you_username/anaconda/lib/R/lib

ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib

然后问题就解决了。

我的gess是当你已经在你的计算机上安装了R和 r-essentials稍后会添加到anaconda insatll中，不要将libpcre.1.dylib添加到安装中，因为它已经存在。但是在完成时并没有更新@rpath。

Answer 2

我最终删除了整个anaconda目录并重新安装：（

事后看来 ，我意识到我需要制作一个shellcript，只要发生任何奇怪的事情，我需要重新安装所有内容。每次我安装一个我觉得有用的新模块我都会把它添加到这里。

这是我的所有Python和R套餐：

# Python
conda install xarray --yes
conda install holoviews --yes
conda install seaborn --yes
conda install scikit-learn --yes
conda install scikit-image --yes
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes
conda install dill --yes
conda install pandas --yes
conda install numpy --yes
conda install networkx --yes
conda install scipy --yes
pip install fastcluster
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes
conda install bokeh --yes
conda install BioPython --yes
conda install tqdm --yes
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3
conda install dask --yes
conda install numba --yes
pip install nbopen
pip install nbextensions
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master
conda install html5lib --yes
pip install selenium
conda install phantoms --yes
pip install pubchempy —yes
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics
pip install plotly
pip install ete3

# R
conda install -c r r --yes
conda install -c r r-essentials --yes
conda install -c r r-rserve --yes
conda install -c r r-devtools --yes
conda install -c r r-rcurl --yes
conda install -c r r-RJSONIO --yes
conda install -c r r-jpeg --yes
conda install -c r r-png --yes
conda install -c r r-roxygen2 --yes
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes

R被“dyld：未加载库：@ rpath / libpcre.1.dylib”

2 个答案: