Question

我是Python的新手。我要运行这个TargetFinder script ("Custom Analyses")。

我安装了所有必需的python包，并将代码复制到名为main.py的脚本中，然后运行它。我收到了这个错误：

[davide@laptop]$ python main.py 
Traceback (most recent call last):
  File "main.py", line 8, in <module>
    training_df = pd.read_hdf('./paper/targetfinder/K562/output-epw/training.h5', 'training').set_index(['enhancer_name', 'promoter_name'])
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 330, in read_hdf
    return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 680, in select
    return it.get_result()
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 1364, in get_result
    results = self.func(self.start, self.stop, where)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 673, in func
    columns=columns, **kwargs)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 2786, in read
    values = self.read_array('block%d_values' % i)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 2327, in read_array
    data = node[:]
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/tables/vlarray.py", line 677, in __getitem__
    return self.read(start, stop, step)
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/tables/vlarray.py", line 817, in read
    outlistarr = [atom.fromarray(arr) for arr in listarr]
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/tables/atom.py", line 1211, in fromarray
    return cPickle.loads(array.tostring())
ValueError: unsupported pickle protocol: 4

我不知道这个泡菜协议意味着什么，而且我的同事也对此一无所知。

如何解决此问题？

我在CentOS Linux版本7.2.1511（核心）操作系统上使用Python 2.7.5

Answer 1

Pickle协议基本上是文件格式。来自documentation， 协议使用的越高，读取生成的pickle所需的Python版本就越新。 ... 在Python 3.4中添加了Pickle协议版本4 ，你的python版本（2.7.5）不支持这一点。

升级到Python 3.4或更高版本（当前为3.5）或使用第三个参数中的较低协议（2）创建pickle到:=。

Answer 2

这有时是由于 redis 数据库中的数据不正确造成的。试试看：

sudo redis-cli flushall

Answer 3

python版本问题，升级到最新python版本试试。

Python，如何处理“ValueError：unsupported pickle protocol：4”错误？

3 个答案: