用makefile运行几个R文件(基本问题)

时间:2016-07-18 18:29:37

标签: r makefile

我想使用make运行多个R文件。我有以下问题:

  1. 输出文件未保存在相应的文件夹中。我尝试使用cd,但它没有用。
  2. 我无法创建pdf图,plots.R文件不能与我的makefile一起运行。我只得到:

    Rscript src/example.R
    [Finished in 0.7s]
    
  3. 我只想使用load("data.Rdata")在绘图文件中加载数据。为此,我应首先设置目录,然后运行代码,对吧?

  4. 我是否必须加载我将在每个R文件中使用的所有库?
  5. 生成文件

    RDIR = ./src
    TDATA = ./output/transform_data
    PLOTDIR = ./output/figures
    
    $(TDATA)/data.Rdata : $(RDIR)/example.R
        Rscript $<
    
    $(PLOTDIR)/%.pdf : $(RDIR)/plots.R $(TDATA)/data.Rdata
        Rscript $<
    

    示例:

    dat <- data.frame(a = rnorm(20), b = rnorm(20))
    save(dat, file = "output/transform_data/data.Rdata")
    

    情节:

    load("output/tranform_data/data.Rdata")
    
    pdf("output/figures/a.pdf")
    print(plot(dat$a))
    dev.off()
    
    pdf("output/figures/b.pdf")
    print(plot(dat$b))
    dev.off()
    

    Here the files of the example

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