我有一个生成数据并将其写入数据库的循环:
myDatabase = Database('myDatabase')
for i in range(10):
#some code here that generates dictionaries that can be saved as activities
myDatabase.write({('myDatabase', 'valid code'): activityDict})
这样创建的单个活动可以保存到数据库中。但是,在创建多个数据库时,数据库的长度始终为1,只有最后一个活动进入数据库。
因为我有很多非常大的数据集,所以将它们全部存储在一个字典中并一次写入数据库是不方便的。
有没有办法逐步将活动添加到现有数据库?
答案 0 :(得分:1)
Database.write()
将替换整个数据库。最好的方法是在python中创建数据库,然后编写整个文件:
data = {}
for i in range(10):
# some code here that generates data
data['foo'] = 'bar'
Database('myDatabase').write(data)
但是,如果要从现有数据库动态创建聚合数据集,则可以在自定义生成器中创建单个数据集。该生成器需要支持以下内容:
__iter__
:返回数据库键。用于检查每个数据集是否属于正在写入的数据库。因此,我们只需要返回第一个元素。__len__
:要写入的数据集数量。keys
:用于向mapping
添加密钥。values
:用于向geomapping
添加活动地点。由于我们的源数据库和聚合系统数据库中的位置相同,我们可以在此处提供原始数据集。items
:新密钥和数据集。以下是代码:
class IterativeSystemGenerator(object):
def __init__(self, from_db_name, to_db_name):
self.source = Database(from_db_name)
self.new_name = to_db_name
self.lca = LCA({self.source.random(): 1})
self.lca.lci(factorize=True)
def __len__(self):
return len(self.source)
def __iter__(self):
yield ((self.new_name,))
def get_exchanges(self):
vector = self.lca.inventory.sum(axis=1)
assert vector.shape == (len(self.lca.biosphere_dict), 1)
return [{
'input': flow,
'amount': float(vector[index]),
'type': 'biosphere',
} for flow, index in self.lca.biosphere_dict.items()
if abs(float(vector[index])) > 1e-17]
def keys(self):
for act in self.source:
yield (self.new_name, act['code'])
def values(self):
for act in self.source:
yield act
def items(self):
for act in self.source:
self.lca.redo_lci({act: 1})
obj = copy.deepcopy(act._data)
obj['database'] = self.new_name
obj['exchanges'] = self.get_exchanges()
yield ((self.new_name, obj['code']), obj)
用法:
new_name = "ecoinvent 3.2 cutoff aggregated"
new_data = IterativeSystemGenerator("ecoinvent 3.2 cutoff", new_name)
Database(new_name).write(new_data)
如果您在数据集中编写了如此多的数据集或交换,而您遇到了内存问题,那么您也可能使用了错误的工具。当前的数据库表和矩阵构建器系统使用稀疏矩阵。在这种情况下,密集矩阵会更有意义。例如,IO table backend完全跳过数据库,只写processed arrays。如果生物圈矩阵有13.000 * 1.500 = 20.000.000个条目,则需要很长时间才能加载和创建生物圈矩阵。在这种特殊情况下,我的第一直觉是尝试下列之一: