Question

我有一个类似的for循环：

for (i=1:150000) {
   tempMatrix = {}
   tempMatrix = functionThatDoesSomething() #calling a function
   finalMatrix =  cbind(finalMatrix, tempMatrix)

}

你能告诉我如何让它并行吗？

我是根据在线示例尝试的，但我不确定语法是否正确。它也没有太多提高速度。

finalMatrix = foreach(i=1:150000, .combine=cbind) %dopar%  {
   tempMatrix = {}
   tempMatrix = functionThatDoesSomething() #calling a function

   cbind(finalMatrix, tempMatrix)

}

Answer 1

感谢您的反馈。在我发布这个问题之后，我确实查了parallel。

经过几次尝试后，我开始运行了。我已经添加了下面的代码，以防它对其他人有用

library(foreach)
library(doParallel)

#setup parallel backend to use many processors
cores=detectCores()
cl <- makeCluster(cores[1]-1) #not to overload your computer
registerDoParallel(cl)

finalMatrix <- foreach(i=1:150000, .combine=cbind) %dopar% {
   tempMatrix = functionThatDoesSomething() #calling a function
   #do other things if you want

   tempMatrix #Equivalent to finalMatrix = cbind(finalMatrix, tempMatrix)
}
#stop cluster
stopCluster(cl)

注意 - 我必须添加一条注释，如果用户分配的进程太多，则用户可能会收到此错误：Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

注意 - 如果.combine语句中的foreach为rbind，则返回的最终对象将通过逐行追加每个循环的输出来创建。

希望这对于像我这样第一次在R中尝试并行处理的人来说非常有用。

参考文献： http://www.r-bloggers.com/parallel-r-loops-for-windows-and-linux/ https://beckmw.wordpress.com/2014/01/21/a-brief-foray-into-parallel-processing-with-r/

在R中并行运行for循环

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