Question

scikit-bio是否有可能从基因组fasta文件中提取存储在gff3格式文件中的基因组特征？

示例：

genome.fasta

>sequence1
ATGGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGCAGCATACGCATCGACATACGACATACATCAGATACGACATACTACTACTATGA

annotation.gff3

#gff-version 3
sequence1   source  gene    1   78  .   +   .   ID=gene1
sequence1   source  mRNA    1   78  .   +   .   ID=transcript1;parent=gene1
sequence1   source  CDS 1   6   .   +   0   ID=CDS1;parent=transcript1
sequence1   source  CDS 73  78  .   +   0   ID=CDS2;parent=transcript1

mRNA特征（转录本1）的所需序列将是两个子CDS特征的连接。所以在这种情况下，这将是'ATGGAGCTATGA'。

Answer 1

此功能已添加到scikit-bio中，但bioconda中提供的版本尚不支持（2017-12-15）。 gff3的格式文件存在于Github repository。

中

您可以克隆存储库并使用以下方式在本地安装：

$ git clone https://github.com/biocore/scikit-bio.git
$ cd scikit-bio
$ python setup.py install

按照文件中给出的示例，以下代码应该有效：

import io
from skbio.metadata import IntervalMetadata
from skbio.io import read

gff = io.StringIO(open("annotations.gff3", "r").read())
im = read(gff, format='gff3', into=IntervalMetadata, seq_id="sequence1")

print(im)

对我而言，这会引发FormatIdentificationWarning，但会正确报告这些条目：

4 interval features
-------------------
Interval(interval_metadata=<140154121000104>, bounds=[(0, 78)], fuzzy=[(False, False)], metadata={'source': 'source', 'type': 'gene', 'score': '.', 'strand': '+', 'ID': 'gene1'})
Interval(interval_metadata=<140154121000104>, bounds=[(0, 78)], fuzzy=[(False, False)], metadata={'source': 'source', 'type': 'mRNA', 'score': '.', 'strand': '+', 'ID': 'transcript1', 'parent': 'gene1'})
Interval(interval_metadata=<140154121000104>, bounds=[(0, 6)], fuzzy=[(False, False)], metadata={'source': 'source', 'type': 'CDS', 'score': '.', 'strand': '+', 'phase': 0, 'ID': 'CDS1', 'parent': 'transcript1'})
Interval(interval_metadata=<140154121000104>, bounds=[(72, 78)], fuzzy=[(False, False)], metadata={'source': 'source', 'type': 'CDS', 'score': '.', 'strand': '+', 'phase': 0, 'ID': 'CDS2', 'parent': 'transcript1'})

在代码的示例中，GFF3和FASTA文件在用于读取函数的输入字符串中连接。也许这可以解决这个问题。此外，我不是100％确定如何使用返回的间隔来提取功能。

来自gff3文件的scikit-bio extract基因组特征

1 个答案: