Jupyter笔记本matlab内核在远程机器上

时间:2016-07-10 10:54:42

标签: matlab ssh jupyter-notebook

我想在Jupyter笔记本中打包我的一些MATLAB代码,据我所知,我可以使用pymatbridge和matlab_kernel进行jupyter。

但是,我的本地机器上没有MATLAB。我使用ssh连接到远程机器并在那里运行MATLAB。

我可以在ssh到远程机器后启动Jupyter笔记本,我可以看到启动MATLAB笔记本的选项。当我启动它时,我在终端中得到一长串错误,当我尝试运行代码时笔记本没有响应。有人可以纠正我用于为Jupyter设置MATLAB内核的过程吗?

我的机器上有anaconda 4.1.1。这是我用来设置matlab内核的过程:

pip install pymatbridge
pip install matlab_kernel
python -m matlab_kernel install --user

正如这里建议的那样(https://anneurai.net/2015/11/12/matlab-based-ipython-notebooks/)我将以下内容添加到我的.bash_profile中,将matlab内核指向matlab:

export MATLAB_EXECUTABLE=/opt/matlab-R2014a/bin/matlab

这是我在ssh到远程机器后运行'matlab'时得到的路径。

这是我在启动MATLAB笔记本时在终端中遇到的错误:

/home/s0822514/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/IPython/nbformat.py:13: ShimWarning: The `IPython.nbformat` package has been deprecated. You should import from nbformat instead.
"You should import from nbformat instead.", ShimWarning)
Invalid MEX-file
'/home/s0822514/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pymatbridge/matlab/messenger.mexa64':
/lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.17' not found (required by
 /home/s0822514/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pymatbridge/matlab/messenger.mexa64)

Error in matlabserver (line 7)
messenger('init', socket_address);

[W 11:27:38.899 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from c8b74e6f-21f8-477a-bde7-5f10ff141089
Traceback (most recent call last):

[I've removed all the traceback info here because it is quite long, please comment if this is important]

ValueError: MATLAB failed to start

我的猜测是matlab_kernel安装不正确,因为我第一次安装它时出现了一个错误,要求我使用sudo或添加--user。或者我认为我在bash配置文件中将matlab_kernel指向MATLAB有什么问题。

我最后的想法是,也许我应该做的一切,包括在远程机器上设置anaconda和jupyter笔记本(正如这里建议的那样:Use Jupyter Notebook on my local computer to run code on a remote computer)但我已经尝试过设置MATLAB的程序ssh到远程机器后的内核。这似乎没有任何区别。

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