我在Ubuntu 14.04和Intel ifort编译器上编译了一个双精度openmpi的天气预报软件。但是我无法弄清楚几个问题。我需要弄清楚我需要发送到mpirun的处理器数量。这是lscpu的输出
x86_64
CPU op-mode(s): 32-bit, 64-bit
Byte Order: Little Endian
CPU(s): 4
On-line CPU(s) list: 0-3
Thread(s) per core: 2
Core(s) per socket: 2
Socket(s): 1
NUMA node(s): 1
Vendor ID: GenuineIntel
CPU family: 6
Model: 60
Stepping: 3
CPU MHz: 800.000
BogoMIPS: 6784.93
Virtualization: VT-x
L1d cache: 32K
L1i cache: 32K
L2 cache: 256K
L3 cache: 3072K
NUMA node0 CPU(s): 0-3output of lscpu
这是我用来运行我的软件的命令 mpirun -np 4 aaa。但是当我这样做时，我得到了这些错误 -
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1001.
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
当我将np设置为1时，它成功运行但不完全使用CPU。 CPU使用率从3％到35％不等，但内存使用率几乎为100％，系统冻结大约十分钟并退出并显示错误消息
forrtl严重（41）虚拟内存不足。
我运行了多个信号量的WRF（与此问题相关的软件不是WRF），我没有遇到任何速度或内存问题。 我可以重新编译为单精度，但在我这样做之前，我希望能够计算出要发送到mpirun的核心（处理器）的数量。
答案 0 :(得分：1)
大多数英特尔CPU（包括您正在使用的CPU）都有一个虚拟执行单元，允许两个通常称为“超线程”的同步指令流。＆＃34;对于Linux内核，这显示为额外的CPU核心。因此，lscpu告诉您有四个CPU核心（CPU(s): 4）。仔细查看输出的其余部分，您会发现实际上只有两个CPU核心：
Thread(s) per core: 2 <--- this is hyperthreading
Core(s) per socket: 2
Socket(s): 1
我通常不建议在单个物理CPU核心上运行多个MPI进程，即使存在超线程也是如此。它往往导致有害的性能，在你的情况下，有时会崩溃。尝试使用mpiexec -np 2 aaa，看看会发生什么。如果再次崩溃，还有其他问题。
当我将np设置为1时，它成功运行但不完全使用CPU。 CPU使用率从3％到35％不等，但内存使用率几乎为100％，系统冻结大约十分钟，并退出错误消息，严重（41）虚拟内存不足。
您可能需要运行较小的问题大小。这台机器没有足够的物理内存来满足所请求的分配，并且正在使用虚拟内存（基本上是硬盘空间）来尝试实现它们，但仍然耗尽。在任何情况下，您都不希望在运行模拟时使用虚拟内存（它比主内存慢了1000倍）。