PySpark:一步计算平均值,标准偏差和均值周围的值

时间:2016-07-08 12:45:30

标签: python python-2.7 apache-spark pyspark

我的原始数据以表格格式显示。它包含来自不同变量的观察。每次观察时都有变量名,时间戳和当时的值。

  

变量[string],Time [datetime],Value [float]

数据在HDFS中存储为Parquet并加载到Spark Dataframe(df)中。从该数据框。

现在我想为每个变量计算默认统计数据,如均值,标准偏差等。之后,一旦检索到均值,我想过滤/计算该变量的那些与均值紧密相关的值。

由于对other question的回答,我想出了这段代码:

from pyspark.sql.window import Window
from pyspark.sql.functions import *
from pyspark.sql.types import *

w1 = Window().partitionBy("Variable")
w2 = Window.partitionBy("Variable").orderBy("Time")

def stddev_pop_w(col, w):
    #Built-in stddev doesn't support windowing
    return sqrt(avg(col * col).over(w) - pow(avg(col).over(w), 2))

def isInRange(value, mean, stddev, radius):
    try:
        if (abs(value - mean) < radius * stddev):
            return 1
        else:
            return 0
    except AttributeError:
        return -1

delta = col("Time").cast("long") - lag("Time", 1).over(w2).cast("long")
#f = udf(lambda (value, mean, stddev, radius): abs(value - mean) < radius * stddev, IntegerType())
#f2 = udf(lambda value, mean, stddev: isInRange(value, mean, stddev, 2), IntegerType())
#f3 = udf(lambda value, mean, stddev: isInRange(value, mean, stddev, 3), IntegerType())

df_ = df_all \
    .withColumn("mean", mean("Value").over(w1)) \
    .withColumn("std_deviation", stddev_pop_w(col("Value"), w1)) \
    .withColumn("delta", delta) \
#    .withColumn("stddev_2", f2("Value", "mean", "std_deviation")) \
#    .withColumn("stddev_3", f3("Value", "mean", "std_deviation")) \

#df2.show(5, False)

问题:最后两个注释行无效。它将给出一个AttributeError,因为stddev和mean的传入值为null。我想这是因为我指的是那些也只是在飞行中计算的列,并且在那一刻没有任何价值。 但有没有办法实现这一目标?

目前我正在进行第二次运行:

df = df_.select("*", \
    abs(df_.Value - df_.mean).alias("max_deviation_mean"), \
    when(abs(df_.Value - df_.mean) < 2 * df_.std_deviation, 1).otherwise(1).alias("std_dev_mean_2"), \
    when(abs(df_.Value - df_.mean) < 3 * df_.std_deviation, 1).otherwise(1).alias("std_dev_mean_3"))

2 个答案:

答案 0 :(得分:5)

解决方案是使用DataFrame.aggregateByKey函数,该函数聚合每个分区和节点的值,然后将计算节点周围的聚合混合到一个结果值。

伪代码看起来像这样。它的灵感来自this tutorial,但它使用了StatCounter的两个实例,尽管我们一次总结了两个不同的统计数据:

from pyspark.statcounter import StatCounter
# value[0] is the timestamp and value[1] is the float-value
# we are using two instances of StatCounter to sum-up two different statistics

def mergeValues(s1, v1, s2, v2):
    s1.merge(v1)
    s2.merge(v2)
    return

def combineStats(s1, s2):
    s1[0].mergeStats(s2[0])
    s1[1].mergeStats(s2[1])
    return
(df.aggregateByKey((StatCounter(), StatCounter()),
        (lambda s, values: mergeValues(s[0], values[0], s[1], values[1]),
        (lambda s1, s2: combineStats(s1, s2))
    .mapValues(lambda s: (  s[0].min(), s[0].max(), s[1].max(), s[1].min(), s[1].mean(), s[1].variance(), s[1].stddev,() s[1].count()))
    .collect())

答案 1 :(得分:2)

这不起作用,因为当你执行

from pyspark.sql.functions import *

你使用abs内置pyspark.sql.functions.abs,它希望列不是本地Python值作为输入。

您创建的UDF也不会处理NULL个条目。

  • 除非您知道导入的确切内容,否则请勿使用import *。别名

    from pyspark.sql.functions import abs as abs_
    

    或导入模块

    from pyspark.sql import functions as sqlf
    
    sqlf.col("x")
    
  • 除非必要,否则请务必检查UDF中的输入,或者更好地避免使用UDF。