循环使用bash脚本

Question

我有一个包含gzip压缩数据文件的目录。我想使用脚本est_abundance.py运行每个文件。但首先我需要解压缩它们。所以我有这个bash：

export IBUS_ENABLE_SYNC_MODE=1

问题是，bash脚本继续解压缩所有数据文件，在解压缩一个文件后它不会继续执行下一个命令。 你能帮我纠正一下吗？我只想为每个文件完成每个命令。

Answer 1

使用，请注意您应该使用$file变量，并且可以通过使用.gz剥离${file%.gz}部分来解压缩后获取文件的名称：

for file in /home/doy.user/scratch1/Secoutput/*; do
    gunzip $file
    python analysis1.py -i ${file%.gz} -k gkd_output -o /bracken_output/$(basename ${file%.gz}).txt
    wait
done