基于社区改变IGraph图中的布局结构

Question

我创建了一个具有社区成员身份的igraph：

fc <- fastgreedy.community(graph)
colors <- rainbow(max(membership(fc)))

这为我提供了每个节点所属的集群。

现在我画这个：

plot(graph,vertex.color=colors[membership(fc)], 
    layout=layout.kamada.kawai)

它不提供一种布局，它根据成员资格专门分隔每组节点。有没有人知道可以提供这种不同的布局？所有这一切都是采取布局：kamada.kawai和成员中的着色，而不是重组布局，以便它由成员组织。

希望这个问题有道理。谢谢！

Answer 1

您必须使用人工权重向量计算Kamada-Kawai布局，该向量会为群集内的边缘赋予较高权重，并且对跨越群集边界的边缘赋予较低权重：

> graph <- grg.game(100, 0.2)                 # example graph
> cl <- fastgreedy.community(graph)
> weights <- ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100)
> layout <- layout_with_kk(graph, weights=weights)
> plot(graph, layout=layout)

这里的技巧是ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100)部分 - crossing(cl, graph)采用聚类和聚类所属的图形，并返回一个布尔矢量，为每个边缘定义边缘是否跨越聚类边界或不。然后ifelse()调用简单地将此向量中的TRUE（即边缘交叉边界）替换为1，并将FALSE（即边缘保留在群集内）替换为0。