Question

我创建了一个存储NGS测序结果的数据库。它由17个表组成，用于存储所有信息。结果存储在电子表格中，我使用python（2.7）解析数据并存储在变量中，然后使用python包mysqldb将数据插入数据库。我主要使用函数来获取变量中需要的信息，然后编写一个循环，我在其中调用此函数，然后插入'try：'语句。这是一个简单的例子：

def sample_processer(file):
    my_file = open(file, 'r+')
    samples = []
    for line in my_file:
        ...get info...
        samples.append(line[0])
    return(samples)

samples = sample_processor('path/to/file')

for sample in samples:
    try:
        sql = "samsql = "INSERT IGNORE INTO sample(sample_id, diagnosis, screening) VALUES ("
        samsql = samsql + "'"+sample+"'," +sam_screen_dict.get(sample)+"')"  
    except e: 
        db.rollback()
        print("Something went wrong inserting data into the sample table: %s" %(e))

* sam_screen_dict是我用另一个函数制作的字典。

这是我上传的一个简单表格，但其中许多都调用了不同的词典，以确保上传正确的结果。但是我想知道是否会有更强大的方法来使用类来实现这一点。

例如，我的sample_id在示例表中有一个关联的筛选属性，因此使用一个字典很容易。我有更复杂的联结表，例如存储sample_id，experiment_id和found变异的表，以及其他数据，为这个表创建一个类是一个好主意，调用一个简单的'sample'类来继承自？这样我就会知道插入的结果将用于正确的样品/实验等。

另外，使用类可以为每个属性编写规则，这样如果源电子表格由于某种原因不正确，它将不会插入到数据库中？即：sample_id的格式为A123 / 16。因此，使用一个类它将检查第一个字符是'A'，sample_id [-3]应该总是=='/'。我知道我可以把它们写成函数，但是我觉得它会占用太多的空间和时间来编写这么多'if'语句，如果它在类中存储一次那么这将会更好。

有没有人做类似的事情，使用类来传递他们的变量来测试它们是否正确，然后才能进入插入阶段并创建错误？

我是python类的新手并且理解基础知识，仍然试图掌握它们，所以在正确方向上的一点很好 - 就如何实际编写python类的代码一样有帮助这将用于制作更强大的数据库插入程序。

Answer 1

17表示你可以使用大约17个班级。使用简单的脚本。 webpy.db https://github.com/webpy/webpy/blob/master/web/db.py只修改一些代码。然后你可以使用webpy api：http://webpy.org/docs/0.3/api#web.db来完成你的工作。

希望它对你有用

我应该将python类用于MySQL数据库插入程序吗？

1 个答案: