Question

背景＆amp;问题

我在运行Fedora 23的机器上运行Spark的MLLib中的示例时遇到了一些麻烦。我已根据Spark文档使用以下选项构建了Spark 1.6.2：

build/mvn -Pnetlib-lgpl -Pyarn -Phadoop-2.4 \
  -Dhadoop.version=2.4.0 -DskipTests clean package

并运行二进制分类示例：

bin/spark-submit --class org.apache.spark.examples.mllib.BinaryClassification \
  examples/target/scala-*/spark-examples-*.jar \
  --algorithm LR --regType L2 --regParam 1.0 \
  data/mllib/sample_binary_classification_data.txt

我收到以下错误：

/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.92-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java: symbol lookup error: /tmp/jniloader5830472710956533873netlib-native_system-linux-x86_64.so: undefined symbol: cblas_dscal

此形式的错误（使用netlib的符号查找错误）不限于此特定示例。另一方面，弹性网示例（./bin/run-example ml.LinearRegressionWithElasticNetExample）运行没有问题。

尝试解决方案

我尝试过多种解决方案无济于事。例如，我在https://datasciencemadesimpler.wordpress.com/tag/blas/处查看了一些建议，虽然我可以从com.github.fommil.netlib.BLAS和LAPACK成功导入，但上述符号查找错误仍然存在。

我已经阅读了fommil / netlib-java中的netlib-java文档，并确保我的系统具有libblas和liblapack共享对象文件：

 $ ls /usr/lib64 | grep libblas
libblas.so
libblas.so.3
libblas.so.3.5
libblas.so.3.5.0

$ ls /usr/lib64 | grep liblapack
liblapacke.so
liblapacke.so.3
liblapacke.so.3.5
liblapacke.so.3.5.0
liblapack.so
liblapack.so.3
liblapack.so.3.5
liblapack.so.3.5.0

我找到的最有希望的建议是http://fossdev.blogspot.com/2015/12/scala-breeze-blas-lapack-on-linux.html，建议包括

JAVA_OPTS="- Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=com.github.fommil.netlib.NativeRefBLAS"

sbt脚本中的

。因此，我在_COMPILE_JVM_OPTS="..."脚本中将这些选项附加到build/mvn，这也没有解决问题。

最后，我在网上找到的最后一点建议建议将以下标志传递给sbt：

sbt -Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=com.github.fommil.netlib.F2jBLAS \
-Dcom.github.fommil.netlib.LAPACK=com.github.fommil.netlib.F2jLAPACK \
-Dcom.github.fommil.netlib.ARPACK=com.github.fommil.netlib.F2jARPACK

并且问题仍然存在。我的帖子中仅限于两个链接，但建议可以在github上找到lildata的'scaladatascience'回购的README.md。

是否有人遇到过这个问题并成功解决了？非常感谢任何和所有的帮助或建议。

Answer 1

已经过了几个月了，但我回到了这个问题，并且能够得到一个正常运作的解决方法（如果其他人有同样的问题，可以在这里发帖）。

归结为图书馆优先;所以，通过调用：

$ export LD_PRELOAD=/path/to/libopenblas.so

在启动Spark之前，一切都按预期工作。

我在阅读后想出了解决方案：

https://github.com/fommil/netlib-java/issues/88（直接解决此问题）
JNI "symbol lookup error" in shared library on Linux（类似的链接问题，与Spark没有关系，但答案是关于链接的信息）

使用netlib-java进行“符号查找错误”

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尝试解决方案

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