在没有提示的情况下将stdout重定向到R中的txt文件

时间:2016-06-30 20:28:06

标签: r sink

我知道之前已经问过这个问题并且答案一直是使用接收器,但我也写出了提示,但我不想这样做。是否可以将输出存储到.txt文件而不是提示?

info(hdr)将以下内容输出到控制台:

> info(hdr)
DataFrame with 3 rows and 3 columns
        Number        Type                 Description
   <character> <character>                 <character>
NS           1     Integer Number of Samples With Data
DP           1     Integer                 Total Depth
DB           0        Flag dbSNP membership, build 131

我想将所有info()的输出发送到.txt文件,这些是我使用的命令

sink("info.txt")
info(hdr) 
sink()

用info.txt写的是什么:

> info(hdr) 
DataFrame with 3 rows and 3 columns
        Number        Type                 Description
   <character> <character>                 <character>
NS           1     Integer Number of Samples With Data
DP           1     Integer                 Total Depth
DB           0        Flag dbSNP membership, build 131

> sink()

为什么命令也出现了?无论如何要防止这种情况?

编辑:为了清晰起见。函数info()来自以下链接的VariantAnnotation包:http://www.bioconductor.org/help/workflows/variants/str(hdr)的输出是:

Formal class 'VCFHeader' [package "VariantAnnotation"] with 3 slots
  ..@ reference: chr(0) 
  ..@ samples  : chr "GS06985-1100-37-ASM"
  ..@ header   :Formal class 'SimpleDataFrameList' [package "IRanges"] with 4 slots
  .. .. ..@ elementType    : chr "DataFrame"
  .. .. ..@ elementMetadata: NULL
  .. .. ..@ metadata       : list()
  .. .. ..@ listData       :List of 4

还有更多行但我被截断了。

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