ggplot2:如何在不同的条件下创建变量的散点图?

时间:2016-06-30 19:08:42

标签: r ggplot2

所以我正在查看一些基因表达数据。我汇集了来自12个不同CSV文件的数据,最终数据格式如下:

lib gene_id     expression
1   a           0
1   a_reverse   10
1   b           15
1   b_reverse   0.3
2   a           10
2   a_reverse   0
2   b           0.3
2   b_reverse   15
3   a           8
3   a_reverse   15
3   b           0.3
3   b_reverse   0.5
...

你明白了。 lib有12个库,每个库包含5000个基因和5000个反向基因的表达水平。

现在,我想要相互创建这些表达式值的散点图。如果它们有不同的变量,那么为了绘制lib 2与lib 1的基因,我只需做类似的事情:

plot(library1$expression, library2$expression)

但是,因为expression在技术上与我的数据框中的变量相同,所以我不确定如何继续。我无法将每个CSV作为单独的变量加载,因为我希望在处理后将我的数据导出为1个大型CSV文件。为了在ggplot2制作我的情节,我想它看起来像这样:

ggplot(df) + geom_point(aes(df[lib==1]$expression, df[lib==2]$expression))

然而,我知道这是关闭的,因为当我尝试它时给了我一个错误。这样做的正确语法是什么?此外,如果可能的话,我也希望能够为每个库的所有基因创建一对配对图(对象是ggpairs)。我该怎么做呢?

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