如何避免打印/显示消息

时间:2016-06-30 08:44:50

标签: r rstudio suppress-warnings bioconductor rhdf5

之前已经问过这个问题,但没有答案对我有用。

我正在使用bioconductor.org中的库rhdf5来阅读HDF5文件:source(" http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite(" rhdf5&#34);库(rhdf5);

当我使用 h5read 函数读取包含引用的特定变量时,会打印以下警告消息:

  

"警告:h5阅读类型'参考'尚未实现。价值被NA"

取代

(它没有显示为红色,如RStudio中的错误和警告。只是黑色)

警告对我来说没问题,因为我不需要那些参考。但我使用此函数读取数百个变量,因此我的屏幕被这些消息污染了。 例如:

a <-h5read(f, "/#Link2#")
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's

我已经尝试了我找到的所有建议(capture.output,suppressMessage / Warning,sink,options(warn,max.print,show.error.messages):

  1. capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
  2. 我也尝试过隐身以防万一:invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
  3. suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
  4. 我还尝试了suppressForeignChecksuppressPackageStartupMessages以防万一
  5. {sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
  6. {options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }
  7. 他们都会继续发出相同的警告信息。

    有没有人知道我可能会尝试的任何其他事情,或者为什么这些事情不起作用?

    图书馆如何设法打印跳过这些消息的消息?听起来我可能做错了什么......

    感谢任何帮助。

    正如参考,这些是我使用的其他帖子:

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