如何在igraph中绘制图案？

Question

我使用igraph包来获取蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中的图案，它有一个矢量输出，但我需要绘制或绘制图案，图案的图形。

R中的

代码：

 motifs(graph_object, size = 3)

输出：

  

1 NA NA 5 3

如何在R和igraph中获得图案图？我们有四个主题吗？

注意：此问题与How to mine for motifs in R with iGraph

不同

Answer 1

构造要搜索的主题作为“模板图”（例如，创建三角形图），然后使用subgraph_isomorphisms从顶点查找模板图顶点的所有映射您的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络，induced_subgraph结合lapply将映射列表转换为实际图案。例如：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifs将是一个图表列表，您可以使用plot()逐个绘制它们。