Question

如果我没有任何意义，我道歉，英语不是我的母语，我只有一个星期进入蟒蛇和熊猫。

所以，我有一个很长的转录因子（TF）数据框和很长的必需基因列表，到目前为止我所做的是确定受TF调控的基因是否是必需基因或不。像这样：

In:
df2 = regulon.copy()
lista_genes = (genes['Esenciales'].values.tolist())
df2['Esencialidad'] = (pd.DataFrame(regulon['Target'].isin(lista_genes)))
df2[['Esencialidad']] = df2[['Esencialidad']].astype(str)
df2.ix[df2.Esencialidad == 'True' , 'Esencialidad'] = 'Esencial'
df2.ix[df2.Esencialidad == 'False' , 'Esencialidad'] = 'No esencial'
df2.to_excel("salida2.xlsx", index = False)
df2
Out:
    TF    Target    Regulation  Score   Esencialidad
0   AccB    accB          -     null    Esencial
1   AccB    accC          -     null    Esencial
2   AcrR    acrA          -     Weak    No esencial
3   AcrR    acrB          -     Weak    No esencial
4   AcrR    acrR          -     Weak    No esencial
5   AcrR    marA          -     Strong  No esencial
6   AcrR    marB          -     Strong  No esencial
7   AcrR    marR          -     Strong  No esencial
8   AcrR    micF          -     Weak    No esencial
9   AcrR    soxR          -     Strong  No esencial
10  AcrR    soxS          -     Strong  No esencial
11  Ada     alkB          -     Strong  No esencial
12  Ada     alkB          +     Strong  No esencial

我接下来做的是确定TF调控了多少基因。像这样：

In: 
genes_regulados = regulon['TF'].value_counts()
TF = pd.DataFrame(genes_regulados)
TF.reset_index(inplace=True)
TF.rename(columns={'index': 'TF', 'TF': 'Genes_regulados'}, inplace=True)
TF = TF.sort_values('TF').reset_index(drop=True)
TF['Esenciales'] = (pd.DataFrame(regulon['Target'].isin(lista_genes)))
TF
Out:

    TF  Genes_Regulados
0   AccB    2
1   AcrR    9
2   Ada     6
3   AdiY    8
4   AgaR    11
5   AidB    1
6   AlaS    1
7   AllR    9

我现在要做的是，在一个新专栏中确定，给定TF的那些受调控基因中有多少是必需的，另一列中有多少不是必需的。

我需要你的帮助。我被困住了，我不知道该怎么做。

我正在寻找的输出是这样的：

TF  Genes Regulados Esenciales  No Esenciales
AcrR         4         0           4           
Ada          6         0           6          
AdiY         8         0           8             
AgaR        11         0          11          
AidB         1         0           1    
AlaS         1         1           0    
AllR         9         0           9    
AllS         3         0           3    
AlsR         6         0           6    
AppY        10         0          10    
AraC        19         6          13

更新

感谢JBr，我得到了我需要的东西。现在我想知道是否有办法让它更复杂，并获得有多少基本基因具有正调节，以及有多少必需基因对TF给予了负调节。

我正在寻找的输出是这样的：

TF  Genes_regulados Esenciales  No Esenciales Esenciales_positivos Esenciales_negativos
AcrR         4         0           4                   0                   0
Ada          6         0           6                   0                   0
AdiY         8         0           8                   0                   0
AgaR        11         0          11                   0                   0
AidB         1         0           1                   0                   0
AlaS         1         1           0                   0                   1
AllR         9         0           9                   0                   0
AllS         3         0           3                   0                   0
AlsR         6         0           6                   0                   0
AppY        10         0          10                   0                   0
AraC        19         6          13                   4                   2

感谢。

Answer 1

apply是你的朋友

def count_tfs_essential(tf_val, df2, esencial_val):
    '''returns count of rows in df2 having specific tf_val and esencial_val'''
    df2_con_tf_val = df2[(df2["TF"] == tf_val)]
    df2_con_tf_val_y_essencial = df2_con_tf_val[df2_con_tf_val["Esencialidad"] == esencial_val]

    count = len(df2_con_tf_val_y_essencial.index)

    return count

TF["Esenciales"] = TF["TF"].apply(lambda tf_val: count_tfs_essential (tf_val, df2, "Esencial"))
TF["No Esenciales"] = TF["TF"].apply(lambda tf_val: count_tfs_essential (tf_val, df2, "No esencial"))

*所需的df：*

     TF  Genes_Regulados  Esenciales  No Esenciales
0  AccB                2           2              0
1  AcrR                9           0              9
2   Ada                6           0              2
3  AdiY                8           0              0
4  AgaR               11           0              0
5  AidB                1           0              0
6  Alas                1           0              0
7  AllR                9           0              0

如何计算pandas

1 个答案: