使用R Markdown样式文档(.Rmd)作为Pweave

时间:2016-06-26 14:50:05

标签: python markdown r-markdown pweave

我试图通过Pweave运行一个基本的R Markdown文档(通过代码块调用python)。在Pweave documentation中,它声明您可以使用样式```{python}声明代码块。但是,当我尝试使用编译时,例如,pweave -f pandoc FIR_design.mdw块不会运行,而是逐字放置。

所有examples in the documentation都使用noweb语法,例如

<<fig = True, width = '12 cm', echo = False>>=
from pylab import *
plot(arange(10))
show()
@

降价等价物将是:

```{python, fig = True, width = '12 cm', echo = False}
from pylab import *
plot(arange(10))
show()
```

当我尝试使用markdown语法运行示例时,它只是逐字添加它们并且不运行块。这是预期的吗?如果是这样,我应该如何转换我的.Rmd文档,使其在Pweave中可运行。我必须将它们转换为noweb样式吗?

以下是以.Rmd格式重写的文档示例文档FIR_design.mdw(例如):

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

而不是pweave -f pandoc <source>尝试使用pweave -i markdown <source>

如果您不提供输入格式,则为deduced from file extension。正如您在链接源中看到的那样,您的源文件需要具有.pmd扩展名,以便将其自动检测为pandoc markdown格式化。

默认输出格式似乎与输入相同,或与--format (-f)一样提供。