Cython:使用API​​嵌入Cython到C的分段错误

时间:2016-06-25 07:42:51

标签: python cython

我试图在O'reilly Cython book第8章之后将Cython代码嵌入到C中。我在Cython' documentation上找到了这个段落,但仍然不知道我该怎么做做:

  

如果想要使用这些函数的C代码是多个共享库或可执行文件的一部分,则需要在使用这些函数的每个共享库中调用import_modulename()函数。如果在调用其中一个api调用时遇到分段错误(linux上的SIGSEGV)崩溃,这可能表明包含生成分段错误的api调用的共享库之前没有调用import_modulename()函数api的电话崩溃了。

我在OS X上运行Python 3.4,Cython 0.23和GCC 5.源代码是transcendentals.pyxmain.c

main.c

#include "transcendentals_api.h"
#include <math.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char **argv)
{
  Py_SetPythonHome(L"/Users/spacegoing/anaconda");
  Py_Initialize();
  import_transcendentals();
  printf("pi**e: %f\n", pow(get_pi(), get_e()));

  Py_Finalize();
    return 0;
}

transcendentals.pyx

cdef api double get_pi():
    return 3.1415926

cdef api double get_e():
    print("calling get_e()")
    return 2.718281828

我使用setup.pyMakefile编译这些文件:

setup.py

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize

setup(
    ext_modules=cythonize([
        Extension("transcendentals", ["transcendentals.pyx"])
    ])
)

Makefile

python-config=/Users/spacegoing/anaconda/bin/python3-config
ldflags:=$(shell $(python-config) --ldflags)
cflags:=$(shell $(python-config) --cflags)

a.out: main.c transcendentals.so
    gcc-5 $(cflags) $(ldflags) transcendentals.c main.c

transcendentals.so: setup.py transcendentals.pyx
    python setup.py build_ext --inplace
    cython transcendentals.pyx


clean:
    rm -r a.out a.out.dSYM build transcendentals.[ch] transcendentals.so transcendentals_api.h

但是,我遇到了错误Segmentation fault: 11。有什么想法可以帮助吗?谢谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

在那个Makefile中有

transcendentals.so: setup.py transcendentals.pyx
    python setup.py build_ext --inplace

除非python引用/Users/spacegoing/anaconda/bin/python3,否则应该替换它,因为模块可能被编译为错误的python版本,因此无法加载。

main.c 中,调用import_transcendentals()不会检查返回值,即导入失败还是成功。如果失败,get_pi()get_e()指向无效的内存位置并尝试调用它们会导致分段错误。

此外,模块必须位于可以找到的位置。似乎在嵌入时,不会搜索当前目录中的python模块。可以更改PYTHONPATH环境变量以包含 transcendentals.so 所在的目录。

以下是将代码嵌入C程序并回避导入问题的一种替代方法,因为模块代码链接到可执行文件。

基本上,缺少对PyInit_transcendentals()的调用。

文件 transcendentals.h 将在定义cython函数public时生成,即

cdef public api double get_pi():
...
cdef public api double get_e():

您的 main.c 应该包含include指令

#include <Python.h>
#include "transcendentals.h"

然后在main

Py_Initialize();
PyInit_transcendentals();

应该没有#include "transcendentals_api.h"而没有import_transcendentals()

第一个原因是根据文件

  

但请注意,您应该包含modulename.h或   给定C文件中的modulename_api.h,不是两者,否则你可能得到   矛盾的双重定义。

第二个原因是,因为 transcendentals.c 链接到

中的程序
gcc $(cflags) $(ldflags) transcendentals.c main.c

没有理由导入transcendentals模块。该模块必须进行初始化,PyInit_transcendentals()为Python 3执行此操作