Question

我上传的文件中有多个DNA序列ID，后面跟着它们的DNA序列。我希望能够解析文件并将信息存储在对象中：

function scanForSequences(event) {
    //Get the file from HTML input tag
    var file = event.target.files[0];
    var output = document.getElementById('table');
    var tr = document.createElement('tr');
    var td = document.createElement('td');

    if(file) {
        var sequenceArray = [];
        var objArray = [];
        var obj = {};


        //Create a new file reader
        var reader = new FileReader();
        //When the file reader loads
        reader.onload = function(evt) {
            //Add the contents of file to variable contents
            var contentsByLine = evt.target.result.split('\n');
            //Alert user the file upload has succeeded
            alert('File ' + file.name + ' has been uploaded!');

            for(var i = 0; i < contentsByLine.length; i++){
                if(contentsByLine[i].charAt(i) == '>'){
                    obj.id = contentsByLine[i];
                }else{
                    sequenceArray.push(contentsByLine[i]);
                    obj.sequence = sequenceArray;
                    obj.lead_trim = 0;
                    obj.trail_trim = 0;
                }
                objArray.push({obj});
                console.log(objArray);
                //console.log(sequenceArray[i].length);
            }

        }
        reader.readAsText(file);
    } else {
        alert('Failed to upload file!');
    }
}

问题是只识别第一个序列ID，其余的信息才会进入我的sequenceArray。任何人都可以帮我解决我的错误吗？我很感激！

这是文本文件：

＆GT; 9013e1 ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG TTTAATTACAGACCTGAA

＆GT; 9042f1 ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG TTTAATTACAGACCTGAA

Answer 1

我不确定我是否完全理解你在寻找什么，但是这个函数应该将文本解析为数组中的对象。希望你可以修改它以获得你需要的东西。通过一些编辑，您应该可以将其用作reader.onload函数。

我修正了什么：

在您的代码中，您正在检查'i'字符而不是每行的第一个字符
您正在为所有对象添加相同的序列数组，因此每个id最终会附加所有序列
你没有为每个条目创建一个新对象，所以基本上你是多次将同一个对象推入数组中

function parse(fileContents) {
  //Add the contents of file to variable contents
  var contentsByLine = fileContents.split('\n'),
      objArray = [],
      obj;

  for(var i = 0; i < contentsByLine.length; i++){
    if(contentsByLine[i][0] == '>'){
      obj = {
        id: contentsByLine[i],
        sequence: [],
        lead_trim: 0,
        trail_trim: 0
      };
      objArray.push({obj});
    }else{
      obj.sequence.push(contentsByLine[i]);
    }
    console.log(objArray);
  }

}

parse(">9013e1\nACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC\n>9042f1\nACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC");

读取包含多个数据条目的文本文件，并将它们转换为对象并存储在数组中

1 个答案: