Question

我的第一个问题，虽然我已经读了很长时间了。我一直在努力（温和地说）几天将数据导入闪亮的rmarkdown文件。

我对其他方法持开放态度，但最终需要将其链接到网站。数据来自的文件将在用户计算机上。

我最近的尝试就是这个..

收到错误：

“错误：点击链接时无法打开连接。

HTML：

<input type="file" id="files" name="files[]" multiple />
<output id="list">
<a href="https://<myName>.shinyapps.io/<myShinyRmarkdownFile>/?"id>linkText</a>
</output>

来自Rmarkdown文件的位：

---
title: "x"
author: "x"
date: "x"
output: html_document
runtime: shiny
params:
   filename: "<link on desktop which works when running in desktop rstudio>"
---

```{r echo=FALSE, comment=NA}
print(paste("x",params$filename,sep=" "))
A<-read.delim(params$filename,header=T,sep="\t")
.
.
.

Answer 1

我发现了如何做我想做的事，虽然问题的标题可能会产生误导。我希望将数据变得闪亮，然后我可以分析并制作PDF文件。

以下内容帮助我将数据变为闪亮：youtube视频和相应的server.R文件。

https://www.youtube.com/watch?v=HPZSunrSo5M

https://github.com/aagarw30/R-Shinyapp-Tutorial/blob/master/fileinput/server.R

感谢，约翰

编辑：

server.R文件位于：

library(shiny)
# use the below options code if you wish to increase the file input limit, in this example file input limit is increased from 5MB to 9MB
# options(shiny.maxRequestSize = 9*1024^2)

shinyServer(function(input,output){

  # This reactive function will take the inputs from UI.R and use them for read.table() to read the data from the file. It returns the dataset in the form of a dataframe.
  # file$datapath -> gives the path of the file
  data <- reactive({
    file1 <- input$file
    if(is.null(file1)){return()} 
    read.table(file=file1$datapath, sep=input$sep, header = input$header, stringsAsFactors = input$stringAsFactors)

  })

  # this reactive output contains the summary of the dataset and display the summary in table format
  output$filedf <- renderTable({
    if(is.null(data())){return ()}
    input$file
  })

  # this reactive output contains the summary of the dataset and display the summary in table format
  output$sum <- renderTable({
    if(is.null(data())){return ()}
    summary(data())

     })

  # This reactive output contains the dataset and display the dataset in table format
  output$table <- renderTable({
    if(is.null(data())){return ()}
    data()
  })

  # the following renderUI is used to dynamically generate the tabsets when the file is loaded. Until the file is loaded, app will not show the tabset.
  output$tb <- renderUI({
    if(is.null(data()))
      h5("Powered by", tags$img(src='RStudio-Ball.png', heigth=200, width=200))
    else
      tabsetPanel(tabPanel("About file", tableOutput("filedf")),tabPanel("Data", tableOutput("table")),tabPanel("Summary", tableOutput("sum")))
  })
})

“重要位”：

data <- reactive({
        file1 <- input$file
        if(is.null(file1)){return()} 
        read.table(file=file1$datapath, sep=input$sep, header = input$header, stringsAsFactors = input$stringAsFactors)


# [ john's edit: more code can be put here to alter data before passed to data().  eg:
# o=read.delim(file=file1$datapath)
# convertData(o)
#]

      })

反应意义，它等待输入$文件（即文件选择器），然后读取您选择的文件。就个人而言，我使用read.delim（....）而不是read.table（...）。数据（数据帧）现在存储在“data（）”中并且被称为这样。因此：

output$table <- renderTable({
        if(is.null(data())){return ()}
        data()
      })

请注意，上面会在显示之前检查data（）中是否有数据。

data（）可以传递到与数据帧相同的函数中：

new.dataframe=do.something.with.the.data(data())

长期困扰我的另一个问题是如何导出/渲染pdf。

  output$download_pdf <- downloadHandler(
    filename = function() {
      paste('pdf_name', sep = '.','pdf')
    },

    content = function(file) {
      src <- normalizePath('rmarkdownFile.Rmd')
      print(paste("src",src,sep=": "))
      owd <- setwd(tempdir())
      on.exit(setwd(owd))
      file.copy(src, 'rmarkdownFile.Rmd')

      df.A=data.frame(functionA(data()))
      df.B=data.frame(functionB(data()))

      out=rmarkdown::render('rmarkdownFile.Rmd',pdf_document())
      file.rename(out,file)
    }
  )

我还没有完成所有工作，例如，你应该先复制文件重命名，但这似乎会导致问题，我现在已经离开了。

df.A和df.B是传递给rmarkdown文件的数据帧。没有别的事情需要做。在rmarkdown中只是正常使用它们，没有参数等。

在家用计算机上使用（使用上述设置），pdf将保存在项目目录中。在shinyapps.io中用作上传的应用程序会弹出一个文件保存位置窗口。

我希望以上有所帮助。

将params传递给闪亮的rmarkdown

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