Question

我有一个类似测试的fasta文件：

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 1:N:0:GCCAAT
CCTAGCACCATGATTTAATGTTTCTTTTGTACGTTCTTTCTTTGGAAACTGCACTTGTTGCAACCTTGCAAGCCATATAAACACATTTCAGATATAAGGCT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 2:N:0:GCCAAT
AAAACATAAATTTGAGCTTGACAAAAATTAAAAATGAGCCCAGCCTTATATCTGAAATGTGTTTATATGGCTTGCAAGGTTGCAACAAGTGCAGTTTCCAA
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 1:N:0:GCCAAT
ATATTTGAATTATCAGAAATAAACACAAAGAAAACCTAGAACAGATAATTTCTTCCACATTATTGATCAGATACAGATTTCAAGGGTACCGTTGTGAATTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 1:N:0:GCCAAT
CTTACTTTGCCTCTCTCAGCCAATGTCTCCTGAGTCTAATTTTTTGGAGGCTAAGCTATGAGCTAATGATGGGTTCCATTTGGGGCCAATGCTTCAGCCTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

当我输入一个简单的grep命令时，如：

grep -B1 "CTT" test.fasta

我得到一个非常奇怪的输出，其中＆＃34; - ＆＃34;有时会将其放在grep命中上方的换行符上，如下所示：

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
--
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

我无法弄清楚为什么有些fasta条目会有这个，而其他人则没有。当我删除-B1时，我不会遇到此问题。我可以使用grep -v "--"声明从我的文件中删除这些行，但我真的很想了解这里发生了什么。

Answer 1

您正在使用-B1选项要求一行前导上下文。这意味着grep将显示匹配的行和它之前的行。每个匹配将在一行上由--分隔，如下所示：

$ man grep | grep -B1 context
     -A num, --after-context=num
             Print num lines of trailing context after each match.  See also
--
     -B num, --before-context=num
             Print num lines of leading context before each match.  See also
--
     -C[num, --context=num]
             Print num lines of leading and trailing context surrounding each
--
     --context[=num]
             Print num lines of leading and trailing context.  The default is

您在每次比赛之间看不到--的原因是上下文仅显示在连续匹配序列之上。请参阅以下示例：

seq 13 | grep -B1 1
1
--
9
10
11
12
13

seq命令生成1到13之间的所有数字。只有第一行和10上的行包含1，所以你在自己的组中看到1，然后是--，然后是一行上下文，然后是连续匹配行的组。

Answer 2

grep联机帮助页的

GREP_COLORS部分说：

指定用于突出显示各种＆gt;的颜色和其他属性。部分输出。它的值是以冒号分隔的列表默认的功能 ms = 01; 31：mc = 01; 31：sl =：cx =：fn = 35：ln = 32：bn = 32：se = 36与rv和省略了布尔功能（即假）。

和

se = 36
用于插入之间的分隔符的SGR子字符串选定的行字段（:)，上下文行字段，（ - ）和当非零上下文时，在相邻行组之间指定（ - ）。默认值是青色文本前景终端的默认背景。

考虑文件sample.txt：

$cat sample.txt
ABBB
AAB
AAB
S
S
S
AABB
ABAA
BAA
CCC
$grep -B2 'AAB' sample.txt
ABBB
AAB
AAB
--
S
S
AABB

此处--是grep告诉您AAB之前的--和S之后的--不是相邻行的方式DoNotSerializeMe实际文件。

为什么我的grep命令输出＆＃34; - ＆＃34;某些线之间？

2 个答案: