我是JAGS的新手,我正在尝试进行简单的逻辑回归。我的数据文件非常简单:响应是二进制的,我使用的一个预测器有三个级别。像这样:
col1: 1 2 2 2 1 1 1 2 1 2 ...
col2: HLL, HLL, LHL, LLL, LHL, HLL ...
col2
中的级别为HLL, LHL, LLL
。我虚拟编码并创建了一个如下所示的数据框:
(intercept) HLL LHL LLL
1 1 0 0 1
2 1 0 0 1
4 1 0 0 1
5 1 0 1 0
6 1 0 1 0
7 1 0 0 1
我的数据文件(myList
)看起来像这样:
List of 5
$ y : num [1:107881] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ N : num 500
$ HLL: num [1:107881] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ LHL: num [1:107881] 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 ...
$ LLL: num [1:107881] 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 ...
我正在使用N=500
,因为完整的数据框很大,我只想测试它。
cat(
"model {
for( i in 1 : N ){
y[i] ~ dbern(mu[i])
mu[i] <- 1/(1+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))
}
a ~ dnorm(0, 1.0e-12)
b ~ dnorm(0, 1.0e-12)
c ~ dnorm(0, 1.0e-12)
d ~ dnorm(0, 1.0e-12)
}", file = "model.txt"
)
model = jags.model(file = "model.txt",
data = myList,
n.chains = 3, n.adapt = 500)
Error in jags.model(file = "model.txt", data = antPenList, n.chains = 3, :
Error in node y[1]
Node inconsistent with parents
答案 0 :(得分:7)
dbern分布期望{0,1}而非{1,2}的响应,因为它似乎已对其进行编码,因此您需要从y的值中减去1。
你得到这个错误有点奇怪,因为dbern通常不会给其他响应值一个错误(它基本上使&lt; 0 = 0和&gt; 1 = 1)。该错误可能源于响应符合所有相同值的事实,但如果这不能解决问题,那么您可以尝试以下方法:
1)尝试稍微提高先验的精度为a / b / c / d - 方差10 ^ 12相当多
2)而不是:
mu[i] <- 1/(1+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))
你可以写:
logit(mu[i]) <- -(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])
这也可能有助于JAGS将其识别为GLM并启动相应的采样器 - 记得加载glm模块。
3)为/ b / c / d设置一些与数据模糊一致的初始值(可能是使用R中的glm()拟合得到的)
答案 1 :(得分:-1)
我用
解决了mu[i] <- 1/(1.000001+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))