Question

我正在尝试做一些非常简单的事情 - 只需在R中保存一个矩阵并将其作为数组导入julia。它不应该那么难，但我正在努力操纵我将数据读入julia时创建的RVector类型。

这是一个最小的例子。在R中，我运行以下脚本：

var1 <- matrix( runif(9), 3, 3 )
save( var1, file='~/temp/file1.rda')

然后在朱莉娅：

using DataFrames, DataArrays
x = read_rda("/home/squipbar/temp/file1.rda")

我想将x["var1"]分配给julia工作区中的数组变量，让我们称之为z。一种方法是将z作为空矩阵启动，然后使用x的元素填充它。

我遇到的问题是我无法访问x的元素。在typeof确认后，x的类型为DataFrames.RVector{Float64,0x0e}。这似乎不遵守朱莉娅索引的标准规则。

y = x["var1"] ;
y[1]

ERROR: MethodError: `getindex` has no method matching getindex(::DataFrames.RVector{Float64,0x0e}, ::Int32)

DataFrames文档似乎没有提供RVector类型的任何指导。有没有人有任何想法，我可以找到或如何访问元素的其他解释？更好的是，是否有一种简单的方法可以将矩阵从R传递给julia？

Answer 1

是x["var1"].data你想要的是什么？

julia> typeof(b)
DataFrames.RVector{Float64,0x0e}

julia> b.data
9-element Array{Float64,1}:
 0.543234
 0.0220151
 0.867526
 0.255187
 0.710463
 0.437579
 0.168832
 0.761667
 0.600643

如果有NA，则

或data(x["var1"])

Answer 2

我认为最简单的方法是将矩阵保存为R中的文本文件，然后将其作为文本文件加载到Julia中。这里有没有理由不这样做？例如：

在R：

write.table(var1, file = "/path/to/temp.txt", sep="\t", row.names=FALSE, col.names=TRUE, quote=FALSE)

然后在朱莉娅：

using DataFrames
var1 = readtable("/path/to/temp.txt", separator ='\t');

这有一个额外的好处，如果你想检查它或它的一部分，你很容易在标准的文本编辑器中查看文件，很容易用另一个程序如python，轻松操作它与其他人分享等等。

Answer 3

根据源文档here中的一些测试，看起来以下内容可以正常工作：如果您完全按照自己编写的方式使用代码，但在保存之前将R中的矩阵转换为数据框，然后在将其带入Julia后将结果转换为DataFrame。具体来说，那么

在R：

var1 <- data.frame(matrix( runif(9), 3, 3 ))
save( var1, file='/path/to/file1.rda')

然后在朱莉娅：

using DataFrames, DataArrays
x = read_rda("/path/to/file1.rda")
y = DataFrame(x["var1"])

访问julia DataFrames包中的Rvector类型

3 个答案: