我想做什么: 1-将文件内容读入矩阵(具有两个功能/列:ID和文本) 2-折叠具有相同ID的行,或者,如果不可能,则使用折叠数据创建新矩阵 3-在wd中输出.txt文件,其中ID为名称,文本为内容
以下是我的所作所为:
#set working directory and get file_list
myvar <- matrix(0,nrow=0,ncol=2)
colnames(myvar) <- c("PID","Seq")
for(file in file_list)
{
print(file)
Mymatrix <- as.matrix(read.table(file))
for(i in 1:length(Mymatrix[,1]))
{
if(Mymatrix[i,1] %in% myvar[,1])
{
myvar[which(myvar[,1] == Mymatrix[i,1]) ,2] <- paste(myvar[which(myvar[,1] == Mymatrix[i,1]),2],Mymatrix[i,2])
}else{
myvar <- rbind(myvar,c(Mymatrix[i,1],Mymatrix[i,2]))
}
}
}
性能问题,请参阅此处的profvis输出:
以下是可重现的代码:
#Input:
a <- matrix(0,ncol=2, nrow=0)
colnames(a) <- c("id","text")
#possible data in the matrix after reading one file
a <- rbind(a,c(1,"4 5 7 7 8 1"))
a <- rbind(a,c(1,"5 5 1 3 7 5 1"))
a <- rbind(a,c(7,"5 5 1 3 7 5 1"))
a <- rbind(a,c(5,"1 3 2 25 5 1 3 7 5 1"))
#expected output after processing
> a
id text
[1,] "1" "4 5 7 7 8 1 5 5 1 3 7 5 1"
[2,] "7" "5 5 1 3 7 5 1"
[3,] "5" "1 3 2 25 5 1 3 7 5 1"
注意:保留折叠行后的文字顺序:( 4 5 7 7 8 1
后跟5 5 1 3 7 5 1
ID=1
}
如前所述,最大的问题是性能:我目前的做法需要花费很多时间。有没有像聚合或申请这样的解决方案?
答案 0 :(得分:1)
以下是使用aggregate
使用paste
并使用collapse =&#34; &#34;正如@ alexis-laz所建议的那样:
convert matrix to data.frame and aggregate by id
dfAgg <- aggregate(text ~ id, data=data.frame(a), FUN=paste, collapse=" ")
# coerce dfAgg to matrix
as.matrix(dfAgg)
id text
[1,] "1" "4 5 7 7 8 1 5 5 1 3 7 5 1"
[2,] "5" "1 3 2 25 5 1 3 7 5 1"
[3,] "7" "5 5 1 3 7 5 1"
请注意,在此示例中不需要使用as.data.frame
,因为R将自动执行强制。将强制措施明确化似乎是一种很好的编程习惯。