3D节点组织 - 比较和/或排序

Question

我有一个庞大的数据集，由三维节点(i, j, k)组成，在空间中形成一个立方体。每个节点都有一个x，y，z组件，可以通过多维数据集对流进行建模。我需要通过比较delta x，y和z组件来有效地组织这些节点（大型数据集），以便差异为机器零。我通过从第一个节点开始并检查所有其他节点直到dx^2 + dy^2 + dz^2 = 0，但是执行时间太长（N ^ 2的大O），这是耗时的。有没有更有效的方法来组织3D节点？谢谢。