Question

我一直在试图弄清楚如何使代表单倍型网络上的突变步骤的小圆圈更大。无论出于何种原因，我认为的所有正常方式似乎都不起作用。似乎无论我做什么，符号仍然很小。我错过了什么？

以下是示例代码的基本部分：

data(woodmouse)
h <- haplotype(woodmouse)
net <- haploNet(h)
plot(net, size=attr(net,"freq")*3,bg=pal,labels=F, fast=F, legend=F, 
      show.mutation=T,threshold=0)
# using scale.ratio = 1, the mutations are visisble
plot(net, size=attr(net,"freq")*3,bg=pal,labels=F, fast=F, legend=F, 
      show.mutation=T,threshold=0,scale.ratio=3)
# but using scale.ratio=3, they get tiny / disappear

你可以在这里看到突变，但是如果我将scale.ratio设置为更大的东西（对我自己的数据的要求），它们基本上就会消失。

我已经尝试将较大的cex传递给情节（不起作用）以及使用par设置全局cex（由于某种原因使整个地图变小）。

看起来圆圈是用线条缩放的，但我不知道如何控制它。它甚至可能吗？我错过了一些非常明显的东西吗？

Answer 1

cex控制字体大小，对图形大小没有帮助。在haploNet和plot.haploNet函数的帮助页面中：

?haploNet

size：一个数字向量，给出代表单倍型的圆的直径：它与链接在同一个单位，最终被回收。
scale.ratio：表示代表单倍型的圆圈的刻度上的步数的链接的比例。可能需要给出大于1的值以避免重叠圆圈。

这意味着链接的大小（代表单倍型之间突变的圆圈）与单倍型的大小有关。要相对放大链接大小，您需要找到两个参数的合适组合。

set.seed(123)
net <- haploNet(haplotype(woodmouse[sample(15, size = 50, replace = TRUE), ]))

par(mfrow=c(1,2))
plot(net, size=attr(net,"freq"), labels=F, fast=F, legend=F, 
   show.mutation=T, threshold=0, scale.ratio=1)
plot(net, size=attr(net,"freq")*.2, labels=F, fast=F, legend=F, 
   show.mutation=T, threshold=0, scale.ratio=.2)

使用haploNet扩大圆圈大小会产生圆圈重叠且可见突变数量不正确的风险。使用可视化与可视化，如果出现问题，请考虑TCS软件中的单倍型网络计算，其中非抽样突变显示垂直条或Network来自Fluxus，具有比例链接长度。

当用pegas绘制单倍型网络时的突变步骤/符号大小

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